Как получить ключ InChI для соединения KEGG?

Question

Я хотел бы получить представление InChI для данного соединения KEGG, но мне не удалось найти прямого решения для этого.

Это можно сделать через ЧЕБИ так:

from bioservices import *

kegg_con = KEGG()

kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047'))

chebi_con = ChEBI()

chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'])

print chebi_entry.smiles
print chebi_entry.inchi
print chebi_entry.inchiKey

который напечатает

NCCCC[C@H](N)C(O)=O
InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1
KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N

Есть ли прямой путь, который не требует пройти через ChEBI?

Answer 1

Я не знаю о функциональности в сервисе KEGG, которая позволила бы вам сделать это напрямую. Я считаю, что ваше решение (с использованием, например, ChEBI) является правильным. У вас может быть и другой полезный сервис, такой как unichem, chemspider (для этого вам также потребуется логин). (отказ от ответственности: я главный автор биосервисов)