Какой цветовой ключ использовать в тепловой карте с небольшим диапазоном значений?

Question

Мои данные охватывают небольшой диапазон, но мне все еще нравится делать небольшие различия между точками данных, видимыми на тепловой карте. Какой цветовой ключ лучше всего подходит для максимизации интенсивности цвета (а не для создания сероватой карты) и как установить диапазон в pheatmap?

Answer 1

Вы не предоставили достаточно информации, чтобы дать вам точный пример кода для ваших примеров данных, но что-то вроде приведенного ниже является способом решения проблемы. Что касается фактических цветов, которые вы хотите использовать, я рекомендую вам поэкспериментировать с ними, чтобы увидеть, что выглядит лучше, я только что выделил красный и синий цвета в качестве прокси.

pheatmap(yourdata, color = colorRampPalette(c("red", "blue"))(length(-12:12)),breaks=c(-12:12))

Длина () устанавливает диапазон, в то время как breaks=c(x:x) говорит ему, где делать разрывы. Итак, допустим, что вы хотели делать перерывы каждые 0,2 от 0 до 1, вы бы изменили его так:

breaks=c(0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)

Вы можете поиграть с градиентами разрыва, чтобы получить что-то, что работает для вашего набора данных.

Это моя первая попытка ответить на поставленный здесь вопрос. Пожалуйста, дайте мне знать, если что-то из вышеперечисленного не работает для вас, или если вас смущает то, что я написал.