Загрузка модулей среды из Python
У меня проблемы с выяснением этого. Я хочу, чтобы модуль загрузки выравнивателя -"бабочка" в этом случае. Ниже приведен фрагмент кода, который у меня есть:
import subprocess
moduleCmd=['module', 'load','/modules/ogi-mbc/software/bowtie/bowtie2-2.2.4/bowtie2']
subprocess.Popen(moduleCmd,shell=True)
Когда я запускаю свой скрипт, я получаю следующее сообщение:
cmdModule.c(166):ERROR:11: Usage is 'module command [arguments ...]
Modules Release 3.2.10 2012-12-21 (Copyright GNU GPL v2 1991):
Usage: module [ switches ] [ subcommand ] [subcommand-args ]`
Программа НЕ загружается после запуска скрипта.
Тестирование простой команды с подпроцессом, таким как:
testCmd=['ls', '-l']
subprocess.Popen(testCmd,shell=True)
Я получаю ожидаемый результат.
1 ответ
Решение
Получение подсказки от [link] ( Загрузка модулей среды в скрипте Python)
Следующее сработало: cmd=os.popen("/usr/bin/modulecmd python load bowtie/2.2.4) exec(cmd))
Incase другие сталкиваются с той же проблемой, так как ничто другое не работает.
ПРИМЕЧАНИЕ: используя python/2.7.3, другие модули среды работали и для других инструментов.