Загрузка модулей среды из Python

У меня проблемы с выяснением этого. Я хочу, чтобы модуль загрузки выравнивателя -"бабочка" в этом случае. Ниже приведен фрагмент кода, который у меня есть:

import subprocess
moduleCmd=['module', 'load','/modules/ogi-mbc/software/bowtie/bowtie2-2.2.4/bowtie2']
subprocess.Popen(moduleCmd,shell=True)

Когда я запускаю свой скрипт, я получаю следующее сообщение:

cmdModule.c(166):ERROR:11: Usage is 'module command  [arguments ...]

Modules Release 3.2.10 2012-12-21 (Copyright GNU GPL v2 1991):

Usage: module [ switches ] [ subcommand ] [subcommand-args ]`

Программа НЕ загружается после запуска скрипта.

Тестирование простой команды с подпроцессом, таким как:

testCmd=['ls', '-l']
subprocess.Popen(testCmd,shell=True)

Я получаю ожидаемый результат.

1 ответ

Решение

Получение подсказки от [link] ( Загрузка модулей среды в скрипте Python)

Следующее сработало: cmd=os.popen("/usr/bin/modulecmd python load bowtie/2.2.4) exec(cmd))

Incase другие сталкиваются с той же проблемой, так как ничто другое не работает.

ПРИМЕЧАНИЕ: используя python/2.7.3, другие модули среды работали и для других инструментов.

Другие вопросы по тегам