Диаграмма Венна пропорциональна и цветопередача с полупрозрачностью

У меня есть следующий тип подсчета данных.

A   450
B   1800
A and B both    230

Я хочу создать красочную (возможно, полупрозрачную на пересечениях), как на следующей диаграмме Венна.

Примечание: этот рисунок - пример руки, нарисованной в PowerPoint, и он не в масштабе.

Источник

6 ответов

Решение

Вот пост, который обсуждает диаграмму Венна из списка кластеров и сопутствующих факторов.

Для простого решения используйте упаковку Веннеулер:

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

Для более продвинутых и индивидуальных решений проверьте пакет VennDiagram.

Источник

Недавно я опубликовал новый пакет R, eulerr, который делает то, что вы хотите. Это очень похоже на Venneuler, но без его несоответствий.

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

eulerplot

Или вы можете попробовать блестящее приложение для того же пакета r на http://eulerr.co/

блестящий-Euler

Источник

Основываясь на втором ответе Geek On Acid, на втором предложении (еще раз спасибо), я смог бы решить и проблему с линией. Я пишу, если это будет полезно для других googlers!

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Источник

Хотя это не дает полного ответа на ваш вопрос. Я думал, что это будет полезно для других людей, желающих построить диаграмму Венна. Можно использовать функцию venn() из пакета gplots: http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modified slightly from the example given in the documentation
## Example using a list of item names belonging to the
## specified group.
##
require(gplots) 
## construct some fake gene names..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

введите описание изображения здесьПосле этого я просто добавляю цвета и прозрачность, используя иллюстратор.введите описание изображения здесь

Источник

Существует интуитивно понятный и гибкий пропорциональный плоттер, который вы можете скачать и запустить. Найдите его по адресу: http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

а также

jvenn: интерактивный просмотрщик диаграмм Венна - GenoToul Bioinfo: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Источник

Я знаю, что ОП спрашивает о решении в R, но я хотел бы указать на веб-решение под названием BioVenn. Он берет до 3 списков элементов и рисует диаграмму Венна так, чтобы каждая поверхность была пропорциональна количеству элементов - как этот:

На этой диаграмме я вручную изменил (через PhotoShop) расположение чисел, так как мне не понравились места, выбранные BioVenn. Но вы можете выбрать не иметь номера.

Теоретически списки, используемые с BioVenn, должны состоять из идентификаторов генов, но на практике это не имеет значения - списки просто должны содержать строки.

Источник

FWIW: нашел этот пакет для python, который делает то же самое.

Источник
Другие вопросы по тегам