Проблема с функцией предсказания в R для одного биостека, а не для другого

Question

Я занимаюсь моделированием распределения видов (моделирование экологических ниш), где я проецирую модель на текущие или будущие климатические растры (переменные биоклима).

Когда я прогнозирую текущие растры (object=bio_stack), все работает, используя этот код:

#predict species current distribution using bio_stack
current_dist<-predict(object=bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_current_dist_17April2014", 
           na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text")

Впрочем, когда я предсказываю будущим растрам (object=future_bio_stack), этот код не дает результатов:

#predict species future distribution using future_bio_stack
future_dist<-predict(object = future_bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_future_dist_17April2014", 
           fun=predict, na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text") 

Вместо этого я получаю это предупреждение:

In addition: Warning message:
In predict.gam(model, blockvals, ...) :
  not all required variables have been supplied in  newdata!

Будущие слои биостека, на которые я проецирую, выглядят нормально на изображении с обычными минимальными и максимальными значениями (я не могу опубликовать изображение без оценки репутации).

Тем не менее, минимальные и максимальные значения future_bio_stack выглядят странно в сводке, особенно по сравнению с bio_stack. Вот сводка каждого из стеков с предоставленными значениями min и max:

> future_bio_stack

class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 +no_defs 
names       : WC05future_clipped, WC06future_clipped, WC08future_clipped,     WC13future_clipped, WC15future_clipped 
min values  :             -32768,             -32768,                 -32768,             -32768,             -32768 
max values  :              32767,              32767,                  32767,              32767,              32767 

> bio_stack
class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
names       : WC05_clipped, WC06_clipped, WC08_clipped, WC13_clipped, WC15_clipped 
min values  :          -56,         -429,         -145,            7,            5 
max values  :          457,          100,          332,          767,          129 

Есть идеи почему bio_stack работает с predict функция но future_bio_stack не является?

Answer 1

Я отвечаю на свой вопрос здесь, как я только что понял это.

Чтобы проецировать обученную модель (которая использовала bio_stack) на другой набор растров (например, future_bio_stack), имена столбцов каждого из стеков должны быть одинаковыми.

Я переименовал файлы и заново сложил растры файла future_bio_stack, сделав имена такими же, как в bio_stack:

> bio5future<-raster("WC05_clipped.tif") 
> bio6future<-raster("WC06_clipped.tif")
> bio8future<-raster("WC08_clipped.tif")
> bio13future<-raster("WC13_clipped.tif")
> bio15future<-raster("WC15_clipped.tif")
> 
> future_bio_stack<-stack(bio5future, bio6future, bio8future,
> bio13future, bio15future)

Затем я перезапустил функцию предсказания, используя в качестве объекта future_bio_stack, и это сработало.