Версия Downgrade R и пакет R Биокондуктор

Question

Привет всем, я сейчас использую R 3.0.2 на сервере Debian с Bioconductor v2.13. Мой вопрос прост, хотя поиск в Интернете не дал мне однозначного ответа:

Как я могу понизить версию с R 3.0.2. до R 2-15?

Учитывая, что я сохраняю R 3.0.2, как я могу понизить версию Bioconductor до v2.12?

Заранее спасибо,

Answer 1

Как правило, Bioconductor предназначен для работы с конкретными версиями R, поэтому нет никаких гарантий, связанных с использованием более старых версий Bioconductor (или любого пакета R) с более новыми версиями R. Лучше задавать вопросы о пакетах Bioconductor в списке рассылки Bioconductor. Вероятно, вы говорите, что в вашей текущей установке Bioconductor есть какая-то проблема, и что вам действительно лучше было бы решить эту проблему.

Проверьте LibPath из installed.packages()и сравнить с выводом .libPaths(), я имею

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"  

Хорошие новости! Все мои пакеты Bioc находятся в определенной библиотеке. Я мог бы тогда организовать (см. ?.libPaths) для запуска R с.libPaths, указывающим на новое местоположение для пакетов Bioc 2.12, например,

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

затем явно установите версию BiocInstaller пакет, который я хочу использовать, например,

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

а также library(BiocInstaller); biocLite() по-прежнему.

Если бы мои пакеты Bioconductor были установлены в домашнем каталоге R, то я бы remove.packages() вместо настройки .libPaths()или я бы побежал BiocInstaller::biocValid() и следуйте инструкциям для возврата "слишком новых" пакетов.