Почему datatable не печатается при зацикливании в rmarkdown?

Question

Я работаю над созданием динамического документа rmarkdown. Конечный результат должен создать вкладку для каждой "классификации" в данных. Каждая вкладка должна иметь таблицу данных из пакета DT с данными, напечатанными на ней. Ниже приведен код, который я использовал:

---
output: html_document
---

# Setup{.tabset}
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(DT)
```

```{r data.setup}
set.seed = 1242
rows = 64
data.1 = runif(rows, 25, 75)
data.2 = runif(rows, .01, 1)
data.3 = runif(rows, 1, 10)
classification = c("A", "B", "C", "D")
df = data.frame(cbind(data.1 = data.1, data.2 = data.2, data.3 = data.3, classification = classification))
df$data.1 = as.numeric(df$data.1)
df$data.2 = as.numeric(df$data.2)
df$data.3 = as.numeric(df$data.3)
```

```{r results= 'asis'}
for(j in levels(df$classification)){
        df.j = df[df$classification == j, ]
        cat(paste("\n\n## Classification: ", j, "##\n"))
        w = datatable(df.j)
        #datatable(df.j)
        print(w)
}
```

Обратите внимание, что я закомментировал прямые вызовы функции с данными, они не печатались в rmarkdown. Результаты вызова в письменном виде генерируют HTML-документ с правильными вкладками, но без данных в них. Кроме того, таблицы данных на самом деле отображаются в моем сеансе RStudio с правильным поднабором. В качестве теста я попытался достичь цели с помощью функции kable из knitr, и таблицы были напечатаны на соответствующих вкладках, к сожалению, kable не обладает всеми необходимыми функциями.

Answer 1

Это не полный ответ, так как некоторые из них все еще озадачивают меня, но по крайней мере этого достаточно, чтобы вы начали, пока я пытаюсь понять кое-что еще.

---
output: html_document
---

# Setup{.tabset}
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(DT)
```

```{r data.setup}
set.seed <- 1242
rows <- 64
data.1 <- runif(rows, 25, 75)
data.2 <- runif(rows, .01, 1)
data.3 <- runif(rows, 1, 10)
classification <- c("A", "B", "C", "D")
df <- data.frame(cbind(data.1 = data.1, data.2 = data.2, data.3 = data.3, classification = classification))
df$data.1 <- as.numeric(df$data.1)
df$data.2 <- as.numeric(df$data.2)
df$data.3 <- as.numeric(df$data.3)
```

```{r include = FALSE}
# Why, oh why do I need this chunk?
datatable(df)
```

```{r results = 'asis'}
for(j in unique(df$classification)){ # You were using level() here, so your for-loop never got off the ground
        df.j <- df[df$classification == j, ]
        cat(paste("\n\n## Classification: ", j, "##\n"))
        print( htmltools::tagList(datatable(df.j)) )
}

Третий кусок необходим для этого, я еще не уверен, почему.

Answer 2

Достигнув здесь, погуглив тот же вопрос. Это сработало для меня: https://gist.github.com/ReportMort/9ccb544a337fd1778179.

По сути, сгенерируйте список визуализированных фрагментов и вручную вызовите knit,

Вот рабочий Rmd, основанный на вашем примере, используя технику, приведенную в ссылке выше:

---
output: html_document
---

# Setup{.tabset}
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(DT)
```

```{r data.setup}
set.seed <- 1242
rows <- 64
data.1 <- runif(rows, 25, 75)
data.2 <- runif(rows, .01, 1)
data.3 <- runif(rows, 1, 10)
classification <- c("A", "B", "C", "D")
df <- data.frame(cbind(data.1 = data.1, data.2 = data.2, data.3 = data.3, classification = classification))
df$data.1 <- as.numeric(df$data.1)
df$data.2 <- as.numeric(df$data.2)
df$data.3 <- as.numeric(df$data.3)
```

```{r include = FALSE}
# prepare a list of 4 sub-dataframes, each corresponding to one classification
df_list <- split(df, df$classification)
```

```{r create-markdown-chunks-dynamically, include=FALSE}

out = NULL
for (c in names(df_list)) {
  knit_expanded <- paste0("\n\n## Classification: ", c, "##\n\n```{r results='asis', echo=FALSE}\n\ndatatable(df_list[['", c, "']])\n\n```")
  out = c(out, knit_expanded)
}

```

<!--- knit those table chunk statements --> 
`r paste(knit(text = out), collapse = '\n')`