Как использовать подкаталоги с конвейерами Ruffus

Question

Документация конвейера Ruffus, похоже, предполагает, что код и данные находятся в одном каталоге. Все примеры имеют спецификаторы входных и выходных файлов без относительных путей. Как изменить синтаксис ниже, если, скажем, файлы для преобразования не находятся в текущем каталоге?

@transform(map_dna_sequence,                   # Input = previous stage
        suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
        ".bam")  

Answer 1

Последняя версия Ruffus позволяет выводить данные в новый каталог:

@transform(map_dna_sequence,           # Input = previous stage
    suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
    ".bam",
    output_dir = "/path/to/a/new_directory")  

В противном случае вы можете изменить каталоги с помощью функции formatter() или regex вместо suffix, Оба они значительно более мощные, но имеют более сложный синтаксис...

Кстати, это хорошая идея, чтобы публиковать в новостной группе Ruffus также.