Nextflow: входной файл пуст?

Question

Это действительно вопрос Nextflow. У меня есть процесс, который производит несколько файлов, некоторые из них будут пустыми. Мне нужно определить, какие из них и следующий процесс должен пропустить их обработку. Выглядело просто, но код:

process demuxByPrimers {
    publishDir params.outdir

    input:
    file productFile from products

    output:
    file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

    when: 
    productFile.size() > 0

    script:
    println "Processing ${productFile}"
}

не работает хорошо. Входные файлы в рабочем каталоге являются символическими ссылками, и поэтому они не пусты... Есть идеи, как пропустить обработку пустых файлов?

Answer 1

Альтернатива состоит в том, чтобы применить фильтр к products канал, например

process demuxByPrimers {
  publishDir params.outdir

  input:
  file productFile from products.filter{ it.size()>0 }

  output:
  file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

  script:
  println "Processing ${productFile}"
}