Скачать данные подвида с помощью R пакетов (dismo)

Question

Я хотел бы использовать dismo (Пакеты R) для загрузки данных о встречаемости видов gbif для анализа распространения видов. Я прочитал руководство и успешно прошел наш анализ в большинстве случаев. Я использовал код здесь.

gbif("genus","species", geo=FALSE)

Тем не менее, я хотел бы разделить определенные подвиды для анализа отдельно. Могу ли я каким-либо образом извлечь информацию из определенного подвида?

Answer 1

На основании документации gbif и виньетки dismoмы можем добавить * к названию вида, чтобы получить все варианты под названием вида. В следующем примере из виньеток загружаются все записи под Solanum acaule.

acaule <- gbif("solanum", "acaule*", geo = FALSE)

Результирующий кадр данных, acaule, содержит 115 переменных с около 7000 записей. Среди этих переменных scientificName столбец содержит полные имена этих записей. Мы можем использовать этот столбец для идентификации записей, связанных с определенным подвидом.

Например, мы можем сначала использовать table функция, чтобы увидеть номер каждого вида названия.

table(acaule$scientificName)

                             Solanum acaule Bitter 
                                              5608 
                      Solanum acaule subsp. acaule 
                                              1444 
Solanum acaule subsp. punae (Juz.) Hawkes & Hjert. 
                                                14 
           Solanum acaule var. punae (Juz.) Hawkes 
                                                 9 
       Solanum acaule var. subexinterruptum Bitter 
                                                 2 
                        Solanum schreiteri Bukasov 
                                                 2 
                         Solanum uyunense Cárdenas 
                                                 2

Теперь мы можем установить подкадр данных, чтобы найти нужные записи на основе ключевых слов в scientificName, Предположим, что мы хотим только записи с subsp. в его scientificNameмы можем сделать следующее:

acaule_sub <- subset(acaule, grepl("subsp.", scientificName, fixed = TRUE))

Сейчас acaule_sub это фрейм данных с 1458 записями, которые являются всеми записями с научным названием, связанным с "subsp.".

Не уверен, что это то, что вам нужно, но я надеюсь, что это поможет!