Как установить точечные шаблоны гиперкадра, используя метки из информационного кадра

У меня гиперфрейм с 93 рядами. Каждая строка содержит карту стволов деревьев класса ppp, а также факторы группировки на уровне графика. Фрейм данных меток предоставляет данные для конкретной точки, такие как диаметр, вид и высота для каждой точки. Мне нужно установить точечный шаблон на основе кадра данных меток, а затем запустить функцию Lstst, которая требует объединения данных. Я нашел примеры поднабора меток шаблонов с одной точкой и примеры поднабора гиперкадров на основе столбцов гиперкадра, но я не видел примеров шаблонов поднабора точек гиперфрейма, вызывающих уровни фактора из кадра данных с несколькими метками. Любое руководство будет высоко ценится.

Я могу поднастроить гиперкадр с помощью факторов уровня графика, скажем, a, b и c типов растительности, затем запустить L est для каждого графика, объединить результаты на основе типа растительности и построить график объединенного Lest (стр. 684 из Baddeley et al. др. 2015 предоставляет полезный пример).

Однако я не могу установить точечные шаблоны гиперкадра на основе определенных меток информационного кадра. Я не уверен, что структура моих данных вызывает проблемы, поэтому я включил их ниже, или я просто запутался в коде, который устанавливает метки подкадра данных, связанного с несколькими точечными паттернами гиперкадра (здесь новичок. Списки в списке становятся запутанными).

Построение данных:

    z.list <- mapply(as.ppp, X = df.list, W = window.list, SIMPLIFY=FALSE) 
     #df.list contains x,y coordinates, followed by columns of point specific 
      #data. 
    h <- hyperframe(X=z.list)
    H <- cbind.hyperframe(h, plot.df1)#combine the point pattern and marks 
     #with plot level data

Структура данных:

     str(H)
    'hyperframe':    93 rows and 14 columns 
     $ X : objects of class ppp 
     $ PLOTID : factor 0102U001 0104U001 0104U002 ... 
     $ Group1 : integer 1 2 1 ... 
     $ Group2 : numeric 2.0 2.5 2.0 ... 

    str(H[1,]$X) #str of the ppp of the hyperframes first row
    List of 1
    $ X:List of 6
    ..$ window    :List of 5
    .. ..$ type  : chr "polygonal"
    .. ..$ xrange: num [1:2] 516441 516503
    .. ..$ yrange: num [1:2] 3382698 3382804
    .. ..$ bdry  :List of 1
    .. .. ..$ :List of 2
    .. .. .. ..$ x: num [1:4] 516503 516502 516441 516442
    .. .. .. ..$ y: num [1:4] 3382698 3382804 3382804 3382698
    .. ..$ units :List of 3
    .. .. ..$ singular  : chr "metre"
    .. .. ..$ plural    : chr "metres"
    .. .. ..$ multiplier: num 1
    .. .. ..- attr(*, "class")= chr "unitname"
    .. ..- attr(*, "class")= chr "owin"
    ..$ n         : int 107
    ..$ x         : num [1:107] 516501 516473 516470 516474 516474 ...
    ..$ y         : num [1:107] 3382801 3382723 3382726 3382734 3382732 ...
    ..$ markformat: chr "dataframe"
    ..$ marks     :'data.frame':    107 obs. of  3 variables:
    .. ..$ DBH_Class: Factor w/ 16 levels "11.25","13.75",..: 7 5 13 12 8 4 9 
    .. ..$ Ingrowth : Factor w/ 7 levels "DD","I_DD","I_LD_MY",..: 7 6 6 7 
    .. ..$ PlotID    : Factor w/ 93 levels "0102U001","0104U001",..: 1 1 1 1 
    ..- attr(*, "class")= chr "ppp"
    - attr(*, "class")= chr [1:5] "ppplist" "solist" "anylist" "listof" ...

Вышесказанное мне кажется правильным, но я заметил, что хотя метки печатаются с помощью функции str, is.multipoint выходы как FALSE, Не уверен, что это часть моей проблемы. Следующее прекрасно работает для факторов уровня графика, расположенных в строках гиперкадра.

    H$L <- with(H, Lest((X),rmax=40))
    L.VT.split <- split(H$L, H$VEG_TYPE) #plot level factor
    L.VT.pool <- anylapply(L.VT.split, pool)
    plot(L.VT.pool,cbind(pooliso, pooltheo, hiiso,loiso)-r~r,
      shade=c("hiiso","loiso"),equal.scales=TRUE, main='')

Но как выполнить ту же операцию, используя метки из информационного кадра?

Источник

1 ответ

Решение


Я не уверен, что понимаю вопрос, но все равно постараюсь дать несколько полезных советов...

Для каждого ряда в H у вас есть точечный шаблон, который содержит информацию о метке в data.frame (три колонки называются DBH_Class,Ingrowth а также PlotID). Вот некоторые поддельные данные с этой структурой:

library(spatstat)
set.seed(42)
df1 <- data.frame(x = runif(3), y = runif(3), DBH_Class = factor(1:3),
                  Ingrowth = LETTERS[1:3], PlotID = letters[1:3])
X1 <- as.ppp(df1, W = square(1))
df2 <- data.frame(x = runif(3), y = runif(3), DBH_Class = factor(1:3),
                  Ingrowth = LETTERS[1:3], PlotID = letters[1:3])
X2 <- as.ppp(df2, W = square(1))
H <- hyperframe(X = list(X1 = X1, X2 = X2))
H
#> Hyperframe:
#>       X
#> 1 (ppp)
#> 2 (ppp)
plot(H$X, which.marks = "Ingrowth")

Для подстановки отдельного точечного рисунка определенной отметкой (Ingrowth в этом примере) использовать subset:

X1B <- subset(X1, Ingrowth == "B")

То же самое для каждого шаблона в столбце X в H:

H$XB <- with(H, subset(X, Ingrowth == "B"))
H
#> Hyperframe:
#>       X    XB
#> 1 (ppp) (ppp)
#> 2 (ppp) (ppp)
plot(H$XB, which.marks = "Ingrowth")

Источник
Другие вопросы по тегам