Ошибка при создании SummarizedExperiment

Question

Я хочу сделать SummarizedExperiment, у меня есть таблица подсчета в этом формате в FeatureCount.txt

         SRR1554537 SRR1554538  SRR1554541  SRR1554535  SRR1554536  SRR1554539
1/2-SBSRNA4        39   66         72             23            16      7
A1BG               221  113        226           146             36   126
A1BG-AS1           393  296        527            276            39   258
A1CF                 8  7          5                1             0    4
A2LD1               97  208       171             181             72    110

У меня есть данные фенотипа в этом формате:

              SampleName    RUN Age sex tissue  disease
SRR1554537  R3452_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554537  -0.384  female  DLPFC   control
SRR1554538  R3462_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554538  -0.4027 female  DLPFC   control
SRR1554541  R3485_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554541  -0.3836 male    DLPFC   control
SRR1554535  R2869_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554535  41.58   male    DLPFC   control
SRR1554536  R3098_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554536  44.17   female  DLPFC   control
SRR1554539  R3467_DLPFC_polyA_RNAseq_total  SRR1554539  36.5    female  DLPFC   control

Вот мой код:

count_feature <- as.matrix(read.table("featureCount.txt", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE))
phenoData <- read.csv("Pheno_Data.csv", header = TRUE)
col_data <- DataFrame(phenoData)

row_data <- relist(GRanges(), vector("list", length= nrow(count_feature)))
mcols(row_data) <- rownames(count_feature)

Brain_Es <- SummarizedExperiment( assays = list(feature_Count= feature_Count), rowRanges = row_data, colData = col_data)

Ошибка в rownames<-(*tmp*, значение = c("X", "SRR1554537", "SRR1554538",: недопустимая длина имен строк

Можете ли вы объяснить ошибку?

Answer 1

Я не понимаю, что вы пытаетесь сделать с row_data, но это явно не работает. У вас уже есть имена генов из таблицы подсчета. Почему бы не сделать

Brain_Es <- SummarizedExperiment(assays = list(counts = count_feature), colData = col_data, rowData = rownames(count_feature));

Посмотри на ?SummarizedExperimentи на примерах, приведенных здесь в разделе "Построение итогового эксперимента".