Конвертировать массив изображений в оригинальный формат SVS

Question

Я пытаюсь применить извлечение переднего плана к изображению SVS (Whole Slide Image), используя библиотеку OpenSlide.

Во-первых, я преобразовал свое изображение в массив для работы над извлечением переднего плана:

image = np.asarray(oslIm.read_region((0, 0), level, oslIm.level_dimensions[level]), dtype=np.uint8)[:, :, 0:3]

После этого я сгенерировал свою маску, которую я применил к своему преобразованному изображению:

plt.imshow(image * final_mask[:, :, np.newaxis])
plt.xticks([])
plt.yticks([])
plt.savefig("./masks/ResultingImage.png", format='png', dpi=90, pad_inches=0.1, bbox_inches='tight');
plt.close()

Я хочу снова преобразовать мое изображение в svs, чтобы я мог работать на переднем плане исходного изображения и применить экстрактор патчей (мозаичное изображение в патчах для удобства аннотирования)

def sample_and_store_patches_by_row(
        file_name,
        pixel_overlap,
        patch_size=512,
        level=17,
):

Как я могу это сделать?

С уважением

Answer 1

К сожалению, openslide не поддерживает запись в файлы WSI. Лучшее, что я встречал для написания больших файлов, - это pyvips.

Поправьте меня, если я ошибаюсь, но я не думаю, что есть способ сохранить конкретный файл svs, поскольку это проприетарный формат.

В есть пример того, как создать файл типа WSI.этом ответе