Написание скриптов Python или TCL VMD
Кто-нибудь знает полное руководство, чтобы узнать о написании скриптов Python или TCL? Я хочу написать скрипт для загрузки молекулы, сделать 3 представления о ней, а также изменить атрибуты (например, метод окраски, метод рисования, значение и т. Д.) Каждого из них и, наконец, визуализировать изображение.
Я прошел этот урок, но все, что он учит делать со сценарием, это загрузить молекулу и выбрать атомы. http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html
Есть ли источник, чтобы научиться писать сценарий для выполнения более сложных операций VMD?
3 ответа
Для общего изучения Tcl, есть руководство по Tcl. Для общего изучения Python есть Учебник по Python ( версия Python 2). Вам нужно будет выбрать, какой маршрут вы используете там. Тогда у вас будет достаточно информации, чтобы взглянуть на документацию VMD и сделать свой собственный путь, при условии, что у вас будет немного творческого подхода к решению проблемы. Вы можете спросить здесь, когда у вас есть конкретная проблема, на которой вы застряли; Переполнение стека - это помощь с конкретными проблемами, а не общие проблемы "с чего начать в этом проекте?!".
Одна возможность состоит в том, что вы сначала создаете свои представления, изменяете атрибуты и т. Д. Затем, когда вы закончите, вы сохраняете состояние в файл (Файл-> Сохранить состояние визуализации...). Созданный таким образом файл представляет собой скрипт, который можно редактировать с помощью обычного текстового редактора. Например, вы можете искать и заменять имена файлов молекул, которые вы загрузили, чтобы применить те же представления к другим молекулам. Вы также можете добавить команду рендеринга в конец файла скрипта, например:
render tachyon rendered_image.tga
После редактирования файла вы можете загрузить его непосредственно в VMD через File->Load Visualization State... В качестве альтернативы вы можете загрузить его при запуске VMD:
vmd -e your_edited_visualization_state_file.vmd
Проверьте библиотеку MDanalysis на python. Он охватывает большинство существующих функций сценариев TCL. У них также есть веб-сайт, содержащий полное описание использования этой библиотеки.