Picard SamToFastq извлекает только одно чтение, затем выдает ошибку

Я пытаюсь извлечь некоторые файлы FastQ из файлов BAM. Picard может сделать это с SamToFastq, как сказано в документации к этому инструменту, он принимает файл bam или sam.

Но когда я запускаю его, он извлекает только одно чтение, а затем завершает работу. Вот сообщение об ошибке. Любая помощь приветствуется.

[davy@xxxx picard-tools-1.70]$ java -jar SamToFastq.jar I=/home/davy/xxx_trio_data/xxxx-1.bam F=/home/davy/xxx_trio_data/1005-1.fastq
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.picard.sam.SamToFastq INPUT=/home/davy/xxx_trio_data/xxxx-1.bam FASTQ=/home/davy/xxxx_trio_data/xxxx-1.fastq    OUTPUT_PER_RG=false RE_REVERSE=true INCLUDE_NON_PF_READS=false READ1_TRIM=0 READ2_TRIM=0 INCLUDE_NON_PRIMARY_ALIGNMENTS=false VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] Executing as davy@xxxxx.xxxx.xxxx.xx.xx on Linux 2.6.34.9-69.fc13.x86_64 amd64; OpenJDK 64-Bit Server VM 1.6.0_18-b18; Picard version: 1.70(1215)
[Wed Jun 20 14:14:21 BST 2012] net.sf.picard.sam.SamToFastq done. Elapsed time: 0.00 minutes.
Runtime.totalMemory()=2029715456
FAQ:  http://sourceforge.net/apps/mediawiki/picard/index.php?title=Main_Page
Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 1, Size: 1
        at java.util.ArrayList.rangeCheck(ArrayList.java:571)
        at java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:349)
        at net.sf.picard.sam.SamToFastq.doWork(SamToFastq.java:156)
        at net.sf.picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:177)
        at net.sf.picard.sam.SamToFastq.main(SamToFastq.java:118)
Источник

1 ответ

Решение

Как выясняется, данные имеют парное окончание, а не одно чтение, как я изначально думал, и в этом случае для picard требуется второй выходной файл, заданный параметром SECOND_END_FASTQ.

Источник
Другие вопросы по тегам