Чтение из сжатого файла FASTA bz2 с использованием skbio

Question

Можно ли читать из сжатого файла (например, FASTA bz2)? Я обычно использую skbio.sequence.Sequence.read, но не вижу там этого параметра.

Спасибо!

Answer 1

Это можно сделать следующим образом:

import skbio
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)

Я использую scikit-bio 0.5.0, но это должно быть возможно и с более ранними версиями. Хотя я явно определяю тип сжатия, это обычно не требуется.

Соответствующая документация здесь и здесь.