Не удается загрузить пакет R xlsx в Mac OS 10.11

Я могу загрузить пакеты rJava и xlsxjars, но при запуске библиотеки (xlsx) я получаю сообщение "Не удалось загрузить JVM". Ниже приведены мои данные.

Версия ОС:

$ sw_vers
ProductName:    Mac OS X
ProductVersion: 10.11
BuildVersion:   15A284

Версия Java:

$ java -version
java version "1.8.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_65-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.65-b01, mixed mode)

Путь Java:

$ which java
/usr/bin/java

Java Home:

$ /usr/libexec/java_home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home

Версия R:

$ R --version
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

Как я запускаю R:

$ LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

Успешная загрузка пакетов rJava и xlsxjars:

> library(rJava)
> library(xlsxjars)

Неудачно пытается загрузить пакет xlsx:

> library(xlsx)
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'xlsx', details:
  call: .jinit()
  error: JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1
Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’

Конфигурация R:

Matts-MacBook-Pro:~ matt$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_65
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Источник

5 ответов

К сожалению, эти трюки с символическими ссылками не помогли мне. Тем не менее, я обнаружил аналогичную проблему в стеке потока! (где еще;)) Этот работал для меня, выполнив следующее:

  1. В терминале введите следующее, чтобы правильно связать Java:

    sudo R CMD javareconf

  2. Вернувшись в R (или RStudio), установите пакет rJava из исходного кода:

    install.packages("rJava",type='source')

Надеюсь это поможет!

Источник

У меня также есть проблемы с загрузкой пакетов, таких как openNLP, xlsx, RWeka, ... и я получаю то же сообщение об ошибке, что и вы. Но, наконец, эта команда работала для меня на OS X 10.11.3: sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Источник

Может быть проблема в версии Java, для которой был встроен пакет R xlsx. Некоторое старое программное обеспечение требует установки Java 6 для OS X 10.11 El Capitan, OS X 10.10 Yosemite, OS X 10.9 Mavericks, OS X 10.8 Mountain Лев и OS X 10.7 Лев. Так что вы можете попробовать установить эту старую версию Java (Java для OS X 2015-001) на веб-сайте Apple, ссылка ниже: https://support.apple.com/kb/DL1572?locale=pt_BR&viewlocale=en_US

И проверьте, есть ли у вас Java SE Development Kit 8. Вы можете скачать его на веб-сайте Oracle, перейдя по ссылке ниже: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

У меня возникла та же проблема, и загрузка старой версии Java решила ее. Надеюсь, это поможет вам!

Источник

В основном, просто делайте то, что описано здесь: https://oliverdowling.com.au/2015/10/09/oracles-jre-8-on-mac-os-x-el-capitan/

короткая версия: d/l Java JRE из oracle как tar-файл http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html

затем поместите это в свой терминал (для sudo нужен ваш pw):

cd ~/Downloads
tar -xzf `ls -1r jre-*-macosx-x64.tar.gz | head -1`
cd `ls -1rd jre*/ | head -1`
defaults write `pwd`/Contents/Info.plist JavaVM -dict-add 'JVMCapabilities' '<array><string>JNI</string><string>BundledApp</string><string>CommandLine</string></array>'
plutil -convert xml1 Contents/Info.plist
sudo mv `pwd` /Library/Java/JavaVirtualMachines/
mkdir -p Contents/Home/bundle/Libraries
cd Contents/Home/bundle/Libraries
ln -s ../../lib/server/libjvm.dylib libserver.dylib

отлично работает на моей OS X 10.11

Источник

Для меня, MacOS Catalina 10.15.7, это было так же просто, как установить текущее программное обеспечение JRE и JDK (загруженное в виде файлов .dmg с официальных сайтов дистрибьюторов на java.com и oracle.com — никаких аффилирований!).

Я также (повторно) установил пакет rJava, но не считаю это необходимым. У меня на самом деле просто не была установлена ​​Java на моем компьютере.

Сейчас xlsxпакетные нагрузки.

Источник
Другие вопросы по тегам