Как заставить rJava 0.9-3 работать на OS X 10.7.4 с Oracle Java 1.7?

Question

Как заставить rJava 0.9-3 работать на OS X 10.7.4 с Oracle Java 1.7?

Есть ли кто-нибудь, кому удалось заставить rJava 0.9-3 работать на OS X 10.7.4 с Oracle Java 1.7?

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat" Platform
x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

java version "1.7.0_09"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode)

Я установил rJava, используя как функцию install.packages, так и установку из командной строки с помощью R 2.15.2. Я не получаю никаких ошибок.

$ R CMD INSTALL rJava
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *binary* package ‘rJava’ ...

* DONE (rJava)
$

Если я использую Java Preferences, чтобы поставить 1.7 на первое место в списке, но оставляю 1.6 включенным, rJava всегда запускает 1.6.

Если я использую Java Preferences, чтобы сначала поставить 1.7 и выключить 1.6, rJava сделает это:

> library(rJava)
> .jinit()
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1
>

Однако, используя системную функцию, R сам находит Java 1.7.

> system("java -version")
java version "1.7.0_09"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode)
>

Нужна ли 1.7 специальная запись в /System/Library/Java/JavaConfig.plist?

Нужно ли подправлять каталог версий для 1.7? Странно, что Current идет к A, который заканчивается на 1.7, а CurrentJDK отображается на 1.6

$cd /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/
$ls -la
total 64
drwxr-xr-x  11 root  wheel  374 Sep 26 10:10 .
drwxr-xr-x  11 root  wheel  374 Nov 26 09:24 ..
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.4 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.4.2 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.5 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.5.0 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.6 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.6.0 -> CurrentJDK
drwxr-xr-x   8 root  wheel  272 Nov 26 09:24 A
lrwxr-xr-x   1 root  wheel    1 Sep 26 10:09 Current -> A
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   59 Sep 26 10:09 CurrentJDK -> /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents

Даже если R CMD javareconf работает с путем, указывающим на файлы 1.7 напрямую или на пути /usr/bin/java, rJava по-прежнему не может найти или запустить Java 1.7.

1.7 нужен ли набор переменных JAVA_LD_LIBRARY_PATH?

Makeconf:JAVA = /usr/bin/java
Makeconf:JAVAC = /usr/bin/javac
Makeconf:JAVAH = /usr/bin/javah
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include

Makeconf:JAR = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/jar
Makeconf:JAVA = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Makeconf:JAVAC = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javac
Makeconf:JAVAH = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javah
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include

Спасибо за любую помощь

Обновление 1:

Я спросил об этом в списке stats-rosuda-devel и получил следующий ответ от Саймона Урбанека. Я не думаю, что Windows и Linux имеют одинаковые проблемы с необходимостью компиляции из исходного кода для Java 1.7, так как мы выполняем это на Windows и Linux и не должны компилировать rJava. Я доложу, как только у меня будет возможность попробовать это:

Вы используете бинарный файл, скомпилированный с системной Java (в вашей системе это 1.6) - так что если вы удалите Java 1.6, вы сломаете его. Если вы хотите использовать Java 1.7, вам придется переконфигурировать R для Java 1.7 и перекомпилировать rJava для использования этих настроек. Обратите внимание, что Oracle Oracle живет в совершенно другом месте (/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk), чем системная Java (/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework), поэтому он не является взаимозаменяемым.
Кроме того, Oracle Java 1.7 не является фреймворком, это большой беспорядок, который на самом деле не был разработан для OS X, поэтому вы должны вручную установить его в соответствии с настройками, как в Linux - это довольно болезненно. Также это требует переопределений... так что, если вы действительно хотите пройти по кроличьей норе, вот что сработало для меня:
JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/lib/server
JAVA_LIBS='-L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm'
JAVA_CPPFLAGS='-I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/include/darwin'
R64 CMD javareconf
Затем установите rJava из исходных кодов (R64 -> install.packages("rJava",type='source')). Обратите внимание, что он только 64-битный, поэтому он будет работать только с 64-битным R.

7

java r macos rjava

Источник

user1860598 28 ноя '12 в 16:53

2 ответа

Другие вопросы по тегам java r macos rjava

user310858 03 окт '13 в 05:18 2013-10-03 05:18 · Answer 1 · 2013-10-03 05:18

Это работает для меня:

Ситуация такова, что мои каталоги Java не были настроены правильно.

1) Первый запуск: sudo R CMD javareconf, Следует следующее:

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_40
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include    -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

2) В R запустите: install.packages("rJava",type='source'), Установка должна вернуть DONE(rJava). Обратите внимание, что я должен был установить

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home

когда мне нужно запустить R от имени пользователя root: sudo R. Для запуска от имени обычного пользователя используйте

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre

Со мной случилось так, что я не установил символические ссылки вышеупомянутого /usr/bin/java* на соответствующие в Java 1.7 (вместо этого на версию 1.6) и получил от этого все разочарования. Ссылки должны быть такими: (похоже, в R требуются только java, javac, javah и jar).

$ ls -l /usr/bin/ja*
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  71 Oct  3 11:44 /usr/bin/jar -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/jar
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  77 Oct  3 12:14 /usr/bin/jarsigner -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/jarsigner
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  72 Oct  3 11:44 /usr/bin/java -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/java
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  73 Oct  3 11:42 /usr/bin/javac -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javac
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  75 Oct  3 12:15 /usr/bin/javadoc -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javadoc
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  73 Oct  3 11:44 /usr/bin/javah -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javah
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  73 Oct  3 12:15 /usr/bin/javap -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javap
lrwxr-xr-x  1 root  wheel  74 Oct  3 12:15 /usr/bin/javaws -> /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/bin/javaws

user1768825 25 авг '16 в 22:11 2016-08-25 22:11 · Answer 2 · 2016-08-25 22:11

Наконец-то что-то сработало!

Саймон Урбанек: не могли бы вы разместить эти инструкции на сайте rJava / инструкции по установке крана...? Это первый раз, когда я спускаюсь по этой кроличьей норе, и я уверен, что я не единственный.

JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server JAVA_LIBS='-L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm' JAVA_CPPFLAGS='-I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin' R CMD javareconf
Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_77
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/jar
System Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin
detected JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home
Java library path: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server
JNI cpp flags    : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin
JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf? (y/n [n]) y
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/ldpaths? (y/n [n]) y
Done.

R CMD INSTALL rJava_0.9-9.tar.gz