Автоматически распознаваемые объекты, переданные в области интереса в Imagej

Question

Я сталкиваюсь с проблемой в своей области, и мне понадобятся некоторые советы.

У меня есть изображение с кольцами деревьев.

Чтобы увидеть фотографию, с которой я хочу работать, вы можете проверить ее в моем Dropbox: https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg

Я хотел бы написать макрос / задачу... в которой программа распознает каждое кольцо и помечает его как ROI. Я пытался выполнить эту задачу, используя несколько плагинов: подбор шаблонов, поиск компонентов и визуальный захват. Но эти кольца могут быть очень переменными.

Что мне нужно, так это: с помощью функции "Анализ частиц" программа распознает все сосуды (объекты) на пороговом изображении. Второй шаг - это весело: для каждой частицы он проверяет наличие частицы в диапазоне 0,5 мм. Если это так, он создает ROI, включающий обе частицы, и ищет следующую частицу в диапазоне 0,5 мм...

Существует метод smillar [http://imagej.1557.x6.nabble.com/combine-particles-in-ROI-manager-automatics-td3692844.html] Но здесь макрос сначала вычисляет различия между двумя последовательными частицами, но я нужно включить все частицы в диапазоне 0,5 мм.

Answer 1

В следующем макросе ImageJ используются фильтры " Максимум" и " Минимум" в ImageJ, чтобы выполнить морфологическую операцию закрытия частиц в образце изображения, а затем он использует анализатор частиц для создания областей интереса из них:

open("https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg");
run("Duplicate...", "title=[Temporary Copy]");
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity show=Masks clear include in_situ");
run("Maximum...", "radius=70");
run("Minimum...", "radius=70");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity clear add");
selectWindow("Sample.jpg");
roiManager("Show All with labels");
roiManager("Show All");