Создание подграфа с помощью igraph в R

Question

Мне нужно получить подграф начальных узлов (входной список узлов; file.txt) и их первых интеракторов (соседей) из графа (g) с помощью igraph. К сожалению, я заканчиваю только одним узлом в подграфе, а не всеми остальными узлами и ребрами (вершинами), которые их связывают.

g<-read.graph("DATABASE.ncol",format="ncol",directed=FALSE) #load the data
g2<-simplify(g, remove.multiple=TRUE, remove.loops=TRUE) # Remove the self-loops in the data
DAT1 <- readLines("file.txt")   #It provides a character vector right away
list_nodes_1 = neighbors(g2, DAT1) #list of nodes to be fetched in subnetwork
list_nodes_1 # 16
g3 <- induced.subgraph(graph=g2,vids=DAT1) #subnetwork construction
g3 # GRAPH UN-- 1 0 --; indicating only one node
plot (g3)

Любые предложения для получения всей подсети (включая узлы и вершины)? или есть какие-либо другие функции для создания подграфов?

DATABASE.ncol:

MAP2K4  FLNC
MYPN    ACTN2
ACVR1   FNTA
GATA2   PML
RPA2    STAT3
ARF1    GGA3
ARF3    ARFIP2
ARF3    ARFIP1
XRN1    ALDOA
APP     APPBP2
APLP1   DAB1
CITED2  TFAP2A
EP300   TFAP2A
APOB    MTTP
ARRB2   RALGDS
CSF1R   GRB2
PRRC2A  GRB2
LSM1    NARS
SLC4A1  SLC4A1AP
BCL3    BARD1

Это простой текстовый файл с одним ребром в строке. Ребро определяется двумя символическими именами вершин, разделенными табуляцией:

file.txt

ALDOA
APLP1
GRB2
RPA2
FLNC
BCL3
APP
RALGDS
PRRC2A
NARS
LSM1
GGA3
FNTA

Answer 1

Я не уверен, что полностью понял вашу проблему, поэтому я создал (надеюсь) очевидный пример:

# for example reproducibility
set.seed(123)

# create a fake undirected graph
D <- read.table(
sep=',',
header=T,
text=
'from,to
A,B
A,C
D,E
F,G
H,I')

g1 <- graph.data.frame(D,directed=F)
plot(g1)

# we want a sub-network containing the floowing nodes:
subv <- c('A','B','H')

# first method: 
# create a sub-network composed by ONLY the nodes in subv and the edges 
# between them
g2 <- induced.subgraph(graph=g1,vids=subv)
plot(g2)

# second method: 
# create a sub-network composed by the nodes in subv and, if some of them is
# connected to other nodes (even if not in subv), take also them 
# (and of course include all the edges among this bunch of nodes). 
sg1 <- decompose.graph(g1,mode="weak")
neighverts <- unique(unlist(sapply(sg1,FUN=function(s){if(any(V(s)$name %in% subv)) V(s)$name else NULL})))
g3 <- induced.subgraph(graph=g1,vids=neighverts)
plot(g3)

График g1:

График g2:

График g3:

Answer 2

Для этого есть встроенная функция igraph. Попробуйте make_ego_graph():

library(igraph)
graph <- make_ring(7)
V(graph)$name <- c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G")

# Get the list of induced subgraphs
subgraph <- make_ego_graph(graph, order=1, c("A", "D", "F"))