MPI на кластере PBS Hello World
Я использую mpiexec для запуска нескольких исполняемых файлов hello world. Каждый из них запускается, но число процессов всегда равно 1, где должно быть 4 процесса. Кто-то понимает почему? Также я не уверен, почему stty дает мне неверный аргумент. Спасибо!
Вот вывод:
/bin/stty: standard input: invalid argument
Hello world from process 0 of 1
Hello world from process 0 of 1
Hello world from process 0 of 1
Hello world from process 0 of 1
Вот файл c:
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
int main(int argc, char *argv[])
{
int rank, size;
MPI_Init (&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
printf("Hello world from process %d of %d\n", rank, size);
fflush(stdout);
MPI_Finalize();
return 0;
}
Вот скрипт отправки:
#!/bin/bash
#PBS -N helloWorld
#PBS -l select=4:ncpus=2
#PBS -j oe
#PBS -o output
#PBS -l walltime=3:00
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./helloWorld
1 ответ
Стивен:
Выше должно работать; похоже, что-то в этом направлении (PBS <-> библиотека MPI <-> mpiexec) неправильно настроено.
Первое, наиболее очевидное предположение - mpiexec - это та же самая программа запуска mpi, которая соответствует библиотеке, с которой вы скомпилировали? Если вы делаете which mpiexec
в вашем сценарии вы получаете что-то, что соответствует which mpicc
когда вы компилируете программу? Нужно ли делать что-то вроде "загрузки модуля [пакет mpi]" перед компиляцией?
Точно так же ваш mpiexec PBS-осведомлен? Если нет, вам может потребоваться указать хост-файл (${PBS_NODEFILE}) и количество процессоров.
Какой MPI вы используете, и на какой системе вы работаете - это общедоступная система с документацией, на которую мы можем посмотреть?