Как добавить RDKit в проект в PyCharm?

Question

Итак, я пытаюсь добавить RDKit в мой проект в PyCharm. Я обнаружил, что если вы используете переводчик /usr/bin/python2.7 PyCharm попытается установить материал, используя pip, Пока RDKit требует conda, Я пытался изменить переводчика на conda, но RDKit либо отсутствует в списке, либо не может открыть URL с репо. Кто-нибудь знает, как это исправить?

Кстати, это возможно при сохранении переводчика /usr/bin/python2.7 чтобы использовать что-то еще (не pip) во время установки вещей?

Answer 1

Я наконец нашел, как это сделать, и это совсем не сложно:

1. Установить конду;
2. Установите RDKit, следуя этим инструкциям
3. Перейти к настройкам в PyCharm либо так:

или вот так (нужен гаечный ключ):

4. В интерпретаторе проекта выберите: ~/anaconda/envs/my-rdkit-env/bin/python

5. Убедитесь, что вы добавили или обновили соответствующие пути Python для PATH, иначе это не сработает.

ИСПЫТАНИЯ:

1. Пытался установить фиона - успех, поэтому нет никакого влияния на установку;
2. Попробовал простой код: print('HELLO WORLD!') - работал

3. Пробовал код rdkit

       from rdkit import Chem
   
   
       m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
   
       print(m)
   

работал, журнал: <rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x101125080>

Answer 2

Другой вариант - выбрать существующую виртуальную среду при создании нового проекта в PyCharm. После того, как вы выполните шаги, описанные Анной выше, в разделе «Ранее настроенный интерпретатор» экрана «Создание проекта» в качестве опции должен быть показан ~ / anaconda / envs / my-rdkit-env / bin / python.