Автоматически сравнивать вложенные модели из glm.mids мышей

Question

У меня есть модель с множественным вменением от R mice пакет, в котором есть много факторных переменных. Например:

library(mice)
library(Hmisc)

# turn all the variables into factors
fake = nhanes
fake$age = as.factor(nhanes$age)
fake$bmi = cut2(nhanes$bmi, g=3) 
fake$chl = cut2(nhanes$chl, g=3) 

head(fake)
  age         bmi hyp       chl
1   1        <NA>  NA      <NA>
2   2 [20.4,25.5)   1 [187,206)
3   1        <NA>   1 [187,206)
4   3        <NA>  NA      <NA>
5   1 [20.4,25.5)   1 [113,187)
6   3        <NA>  NA [113,187)

imput = mice(nhanes)

# big model
fit1 = glm.mids((hyp==2) ~ age + bmi + chl, data=imput, family = binomial)

Я хочу проверить значимость каждой полной факторной переменной в модели (а не индикаторных переменных для каждого уровня), протестировав полную модель для каждой возможной вложенной модели, в которой по одной переменной за раз сбрасывается. Вручную я могу сделать:

# small model (no chl)
fit2 = glm.mids((hyp==2) ~ age + bmi, data=imput, family = binomial)

# extract p-value from pool.compare
pool.compare(fit1, fit2)$pvalue

Как я могу сделать это автоматически для всех факторных переменных в моей модели? Очень полезная функция drop1 мне предложили ответить на предыдущий вопрос - теперь я хочу сделать что-то подобное, за исключением mice дело.

Возможно полезное замечание: раздражающая особенность pool.compare в том, что он хочет, чтобы "дополнительные" переменные в большей модели были размещены после тех, которые используются совместно с меньшей моделью.

Answer 1

Вы можете использовать цикл для итерации различных комбинаций предикторов, упорядочив их в порядке, необходимом для pool.compare,

Так что используя ваш fake данные сверху - подправлено количество категорий

library(mice)
library(Hmisc)
# turn all the variables into factors
# turn all the variables into factors
fake <- nhanes
fake$age <- as.factor(nhanes$age)
fake$bmi <- cut2(nhanes$bmi, g=2) 
fake$chl <- cut2(nhanes$chl, g=2) 

# Impute
imput <- mice(fake, seed=1)

# Create models 
# - reduced models with one variable removed
# - full models with extra variables at end of expression
vars <- c("age", "bmi", "chl")

red <- combn(vars, length(vars)-1 , simplify=FALSE)
diffs <- lapply(red, function(i) setdiff(vars, i) )
(full <- lapply(1:length(red), function(i) 
                            paste(c(red[[i]], diffs[[i]]), collapse=" + ")))
#[[1]]
#[1] "age + bmi + chl"

#[[2]]
#[1] "age + chl + bmi"

#[[3]]
#[1] "bmi + chl + age"

(red <- combn(vars, length(vars)-1 , FUN=paste, collapse=" + "))
#[1] "age + bmi" "age + chl" "bmi + chl"

Модели теперь в правильном порядке, чтобы перейти к glm вызов. Я также заменил glm.mids метод, как он был заменен with.mids - увидеть ?glm.mids

out <- vector("list", length(red))

for( i in 1:length(red)) {

  redMod <-  with(imput, 
               glm(formula(paste("(hyp==2) ~ ", red[[i]])), family = binomial))

  fullMod <-  with(imput, 
               glm(formula(paste("(hyp==2) ~ ", full[[i]])), family = binomial))

  out[[i]] <- list(predictors = diffs[[i]], 
                   pval = c(pool.compare(fullMod, redMod)$pvalue))
   }

do.call(rbind.data.frame, out)
#    predictors      pval
#2         chl 0.9976629
#21        bmi 0.9985028
#3         age 0.9815831

# Check manually by leaving out chl
mod1 <- with(imput, glm((hyp==2) ~ age + bmi + chl , family = binomial))
mod2 <- with(imput, glm((hyp==2) ~ age + bmi , family = binomial))
pool.compare(mod1, mod2)$pvalue
#         [,1]
#[1,] 0.9976629

Вы получите много предупреждений, используя этот набор данных

РЕДАКТИРОВАТЬ

Вы могли бы обернуть это в функцию

impGlmDrop1 <- function(vars, outcome, Data=imput,  Family="binomial") 
{

  red <- combn(vars, length(vars)-1 , simplify=FALSE)
  diffs <- lapply(red, function(i) setdiff(vars, i))
  full <- lapply(1:length(red), function(i) 
                      paste(c(red[[i]], diffs[[i]]), collapse=" + "))
  red <- combn(vars, length(vars)-1 , FUN=paste, collapse=" + ")

  out <- vector("list", length(red))
  for( i in 1:length(red)) {

  redMod <-  with(Data, 
              glm(formula(paste(outcome, red[[i]], sep="~")), family = Family))
  fullMod <-  with(Data, 
              glm(formula(paste(outcome, full[[i]], sep="~")), family = Family))
  out[[i]] <- list(predictors = diffs[[i]], 
                   pval = c(pool.compare(fullMod, redMod)$pvalue)  )
  }
  do.call(rbind.data.frame, out)
}

# Run
impGlmDrop1(c("age", "bmi", "chl"), "(hyp==2)")