Добавление меток в научной нотации к лесным участкам с использованием пакета metafor

Question

Так что я делаю мета-анализ с использованием meta.for пакет в R, Я готовлю цифры для публикации в научном журнале и хотел бы добавить p-значения к своим лесным графикам, но с научной аннотацией в формате

x10-04

скорее чем стандарт

e-04

Однако аргумент ilab в forest функция не принимает expression объекты класса, но только векторы

Вот пример:

library(metafor)
data(dat.bcg)

## REM 
res <- rma(ai = tpos, bi = tneg, ci = cpos, di = cneg, data = dat.bcg,
           measure = "RR",
           slab = paste(author, year, sep = ", "), method = "REML")
# MADE UP PVALUES
set.seed(513)
p.vals <- runif(nrow(dat.bcg), 1e-6,0.02)

# Format pvalues so only those bellow 0.01 are scientifically notated
p.vals <- ifelse(p.vals < 0.01, 
                 format(p.vals,digits = 3,scientific = TRUE,trim = TRUE),
                 format(round(p.vals, 2), nsmall=2, trim=TRUE))

## Forest plot
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

Я хочу, чтобы научное обозначение p-значений было отформатировано как

x10-04

Все ответы на похожие вопросы, которые я видел, предлагают использовать expression() но это дает Error in cbind(ilab) : cannot create a matrix from type 'expression' что имеет смысл, потому что файл справки на forest указывает, что ilab аргумент должен быть вектором.

Любые идеи о том, как я могу это исправить или обойти это?

Answer 1

Хакерское решение было бы

forest.rma <- edit(forest.rma)

Перейти к строке 574 и изменить

## line 574
text(ilab.xpos[l], rows, ilab[, l], pos = ilab.pos[l],

в

text(ilab.xpos[l], rows, parse(text = ilab[, l]), pos = ilab.pos[l],

исправить ваши р-значения и сюжет

p.vals <- gsub('e(.*)', '~x~10^{"\\1"}', p.vals)
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")