Как ввести переменные среды только как фактор (не как непрерывные переменные) в функцию capscale?

Question

Я выполняю анализ CAP (веганский, R) на таблице численности видов, с двумя объясняющими факторами (Location и Complexity_Watson) и одним объясняющим непрерывной переменной (Depth..m.). Ниже вы найдете некоторые из моего кода:

species.cap=capscale(Species.MVA.DOV ~ Location + Depth..m. + 
   Complexity_Watson, data=Habitat.MVA.DOV, distance="bray", na.action=na.omit)

Тем не мение, summary(species.cap) дает местоположение и сложность как ограничивающие (непрерывные) переменные и сдерживающие факторы.

Как я могу убедиться, что это входит только в них как факторы? (Я пытался добавить factor() но это дало тот же результат).

Когда я хочу построить переменные среды, он создает стрелки и центроиды для определения местоположения и сложности, в то время как мне нужны только центроиды (и стрелка для глубины).

Может ли кто-нибудь помочь мне?

Answer 1

Использование as.factor изменить переменные на факторы в кадре данныхHabitat.MVA.DOV

Habitat.MVA.DOV$Location <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Location)
Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson)

Для вопроса о заговоре вы должны понимать, что plot звонит plot.cca, Используйте раздел справки в plot.cca точно определить решение вашего вопроса.

Я думаю, что вы хотите, это:

plot(species.cap, display = "cn") #cn stands for centroid, see help for other options
?plot.cca # gets you to the documentation/help on plot.cca

Кроме того, веганский учебник является отличным справочником с полезными примерами.