R EnvironmentError: Не удалось найти Ghostscript по пути. RWebLogo

Я столкнулся со странной проблемой, которую никак не могу исправить, и я надеялся, что кто-то здесь может лучше понять, что не так;

Я не могу использовать пакет RWebLogo - даже запустить самые простые примеры из-за той же ошибки Ghostscript.

например, работает:

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')

Выдает эту ошибку:

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
    formatter(data, format, opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

Я установил ghostscript ver 9.15 с configure/make/install в терминале, а затем добавил PATH в профиль bash и выполнил его. Когда я запускаю gs в терминале, он работает, подтверждая, что он установлен в системный путь, но та же ошибка все еще происходит. Даже после перезагрузки.

Я попытался добавить GS к среде в R напрямую:

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

что тоже не помогло... выдает точно такую ​​же ошибку. Когда я ищу среду R, она показывает, что gs есть.

Важная информация о версии:

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

Знаете ли вы какие-либо проблемы, которые могут быть причиной этой проблемы? Я новичок в программировании, поэтому я волнуюсь, что могу упустить что-то простое. Буду благодарен за любые советы. Спасибо!

Источник

1 ответ

Решение

Я связался с Омаром, автором RWebLogo, и он действительно помог мне определить мои проблемы и решить их.

Сначала он посоветовал запустить RWebLogo на тестовой последовательности на терминале: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt -o ~/Desktop/out.pdf -F pdf

Измените базовый каталог (все до extdata/weblogo …) приведенного выше сценария, чтобы он соответствовал приведенной ниже команде в R:

system.file(package = 'RWebLogo')

Я запустил его и получил новую ошибку: отсутствие numpy. На самом деле я установил NumPy, но без полных прав пользователя. После переустановки numpy RWebLogo был успешно запущен из терминала.

Тем не менее, RStudio выдавал ошибку GhostScript. Омар предположил, что есть проблема со старой версией RStudio, работающей на Yosemite (у меня сейчас 10.10.1), и отправил мне ссылку на обновленную версию RStudio, где проблема была исправлена.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

Я получил обновленный RStudio, и сейчас там все отлично работает. Надеюсь, это поможет кому-то с подобной проблемой!

Источник
Другие вопросы по тегам