Вызовите RMarkdown в командной строке, используя aR, которому передан файл

Question

Таким образом, я использую свой скрипт 'Graphs.R' для 'input_file1.txt' в RStudio, чтобы создать Rmd, который я затем вяжу в html. Я хотел бы автоматизировать этот процесс для запуска большего количества файлов в командной строке.

Пока что я могу заставить Rscript работать в командной строке, используя:

Rscript Graphs.R input_file1.txt

Я также знаю, что могу создать файл.RMD, используя:

Rscript -e rmarkdown:: render (Graphs.R)

Тем не менее, я хотел бы сделать следующее:

Rscript -e rmarkdown:: render ('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

Есть ли идеи, как это сделать?

Answer 1

Не совсем понятно, что вы пытаетесь сделать. Кажется, что у вас есть текстовый файл, который должен быть преобразован в Rmd с помощью R-скрипта (почему это не просто Rmd для начала?), А затем вы хотите визуализировать Rmd. Вы можете сделать это, выполнив следующие команды в своем терминале:

Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

Первая команда запускает Graphs.R файл, который предположительно генерирует output_file.Rmd, Вторая команда запускает однострочник, который вяжет output_file.Rmd в output_file.html,

Если вы хотите прочитать аргументы командной строки в R-файле, попробуйте?commandArgs,

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

Также посмотрите этот вопрос переполнения стека.