Укажите модель ANOVA внутри субъекта и между субъектами, используя lme или lmer, в качестве фиксированных эффектов
Есть ли способ указать двусторонний ANOVA, с одним предиктором внутри субъекта и одним предиктором между субъектами, используя lme (из nlme) или lmer (из lme4)? Возможно, это перекрестный вопрос, но я не думаю, что меня интересуют случайные эффекты, потому что меня не волнуют различия в предметах или прогнозы по отдельным предметам. Я заинтересован в среднем предмете, так что это должен быть предиктор с фиксированными эффектами внутри субъекта (т.е. фиксированное количество уровней) и предиктор с фиксированными эффектами между субъектами. Я не хочу повторного измерения ANOVA, в котором есть много предположений, включая сферичность, и которые трудно сделать постфактумными. Вот несколько примеров моделей, которые мне нужны:
- объем, прогнозируемый по возрасту + полу * региону, где регион находится внутри субъекта
- оценка, прогнозируемая психиатрической группой * sex * scoreType, где ScoreType относится к субъектам
- объем, прогнозируемый по половой шкале * ScoreType * (это может быть случайный эффект для оценки, но в пределах субъекта на фиксированных уровнях для ScoreType).
(В JMP первые два могут быть указаны с использованием индивидуальности "Смешанная модель", "Сменная" повторяемая ковариационная структура, с указанием повторяющегося предиктора внутри субъекта и указанием субъекта.)
Используя вопросы " Повторные измерения / внутри-субъектные ANOVA в R", " Повторные измерения ановы с использованием регрессионных моделей (LM, LMER)" и " Как преобразовать модели Afex или автомобильные ANOVA в lmer? Наблюдаемые переменные" и главу 4 В книге lme4 я создал следующий код, который использует данные образца CO2. Это не лучший набор образцов данных, но предположим, что: "Завод" подобен идентификатору субъекта, "Тип" и "Обработка - это эффекты между субъектами, а" конц "- внутри объектов, а его уровни НЕ ЗАКАЗАНЫ (т.е. категориальный и тип символов, так же, как это было бы для нескольких типов психологической оценки от одного человека или для нескольких анатомических областей от одного человека.) Если вы знаете лучший набор образцов данных, используйте это вместо этого!
- Каков правильный код для моделирования поглощения, предсказанного с помощью conc с использованием случайных эффектов?
- Как бы я смоделировал усвоение, предсказанное программой conc * Treatment?
- Можно ли провести этот анализ в R только с фиксированными эффектами?
- Есть ли способ запустить post-hoc для всех уровней взаимодействия (внутри-фактор * между факторами) и применить множественную коррекцию сравнения (например, Tukey HSD)? Для этого примера это будет 7 концентраций * 2 Обработки = 14 сравнений.
Приведенный ниже код выдает следующую ошибку: "Ошибка: количество наблюдений (=84) <= количество случайных эффектов (= 84) для термина (conc | Plant); параметры случайных эффектов и остаточная дисперсия (или параметр масштаба) вероятно неопознаваемы
library(data.table)
library(lme4)
CO2 <- data.table(CO2)
CO2[, (1:4) := lapply(.SD, as.factor), .SDcols=(1:4)]
# uptake predicted by concentration
mylm1 <- lmer(uptake ~ (conc|Plant), data = CO2)
# uptake predicted by concentration*Treatement
mylm2 <- lmer(uptake ~ Treatment*(conc|Plant), data = CO2)
ОБНОВЛЕНИЕ Скобки для lmer() указывают, какие меры являются случайными, но вам все равно необходимо указать предиктор.
mylm1 <- lmer(uptake ~ conc + (1|Plant), data = CO2)
mylm2 <- lmer(uptake ~ Treatment*conc + (1|Plant), data = CO2)