Как сохранить изображение как DICOM

Question

Как сохранить изображение как DICOM

Мне нужно сохранить изображение в формате JPEG как DICOM, используя C# и некоторую бесплатную библиотеку. Я прочитал много тем, где было описано, как поступить наоборот, но я нигде не мог найти, как выполнить то, что мне нужно. Лучшее, чего я мог добиться, это сохранить изображение с помощью ClearCanvas, но оно искажается.

DicomFile dicomFile = new DicomFile();
dicomFile.MediaStorageSopClassUid = SopClass.DigitalXRayImageStorageForPresentation.Uid;
dicomFile.DataSet[DicomTags.SopClassUid].SetStringValue(SopClass.DigitalXRayImageStorageForPresentation.Uid);
dicomFile.TransferSyntax = TransferSyntax.ExplicitVrLittleEndian;
dicomFile.DataSet[DicomTags.ImageType].SetStringValue(@"ORIGINAL\PRIMARY");
dicomFile.DataSet[DicomTags.Columns].SetInt32(0, width);
dicomFile.DataSet[DicomTags.Rows].SetInt32(0, height);
dicomFile.DataSet[DicomTags.BitsStored].SetInt16(0, bitsPerPixel);
dicomFile.DataSet[DicomTags.BitsAllocated].SetInt16(0, 8);
dicomFile.DataSet[DicomTags.HighBit].SetInt16(0, 7);
dicomFile.DataSet[DicomTags.PixelData].Values = imageBuffer;
dicomFile.Save("e:\\tempFile.dcm");

Может кто-нибудь сказать мне, что не так с приведенным выше кодом или предоставить простой рабочий пример для любой другой бесплатной библиотеки?

4

c# image-processing dicom clearcanvas

Источник

user2653281 16 окт '14 в 13:01

1 ответ

Другие вопросы по тегам c# image-processing dicom clearcanvas

user5216733 21 сен '15 в 22:10 2015-09-21 22:10 · Answer 1 · 2015-09-21 22:10

Это немного кода, но так я это делаю. Похоже, это общий вопрос с дубликатами. Со временем я собрал их вместе на форумах Clear Canvas, но это вполне верный ответ на заданный вопрос.

Если необходимо создать изображения вторичного захвата DICOM из стандартных файлов изображений, таких как jpg, и вы хотите, чтобы они корректно работали со всеми приложениями PACS, VNA и другими приложениями DICOM, то этот код здесь работает для этого.

ОК, я должен отредактировать еще раз. Это я собрал ради забавы, мне просто нужно было уметь это делать. Некоторые изображения DICOM, которые я создал, я добавил в свой набор тестов, но я получил от этого больше удовольствия. Я сделал снимок мозга Гомера Симпсона и завернул его. А также фотография "Когда радиологи делают селфи". Чтобы не забыть последний, который я сделал, в новостях довольно недавно появилась высококачественная фотография рентгена угря Мурены, поэтому я обернул его и в DICOM. Отсюда и пример, который вы видите.

Хорошо, еще одно редактирование. С момента написания этого ответа я обнаружил очень ценную способность с этим кодом. Я могу генерировать данные пикселей любым способом, чтобы протестировать наш продукт. Я уже могу генерировать изображения DICOM в Explicit Little Endian, с разрешением 10000 X 10000 пикселей, и это, безусловно, может вызвать проблемы в продуктах DICOM, но я могу создавать их с помощью Clear Canvas без проблем!

Я также могу отправлять данные, используя этот код, используя простые небольшие изображения размером 5 x 5 пикселей, и это очень помогает для тестирования, для быстрого создания больших баз данных или для наращивания определенных резервов. Я только надеюсь, что кто-то найдет это столь же полезным, как и я.

using ClearCanvas.Dicom.Codec;
using ClearCanvas.Common.Utilities;
using ClearCanvas.Dicom;
using ClearCanvas.Dicom.Network;
using ClearCanvas.Common;
using ClearCanvas.ImageViewer;
using ClearCanvas.ImageViewer.Imaging;
using ClearCanvas.ImageViewer.Graphics;
using ClearCanvas.ImageViewer.StudyManagement;





            DicomFile df = null;
            Bitmap bm = LoadImage(tbImageFile.Text);
            CreateBaseDataSet();
            df = ConvertImage(bm, 1);
            df.Save(@"C:\test.dcm", DicomWriteOptions.Default);

Тогда вот все остальное:

    private void CreateBaseDataSet()
    {
        _baseDataSet = new DicomAttributeCollection();

        //Sop Common
        _baseDataSet[DicomTags.SopClassUid].SetStringValue(SopClass.SecondaryCaptureImageStorageUid);

        ////Patient
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientId].SetStringValue(_parent.PatientId);
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsName].SetStringValue(String.Format("{0}^{1}^{2}^^",
        //                                                                  _parent.LastName, _parent.FirstName, _parent.MiddleName));

        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsBirthDate].SetDateTime(0, _parent.Dob);
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsSex].SetStringValue(_parent.Sex.ToString());

        ////Study
        //_baseDataSet[DicomTags.StudyInstanceUid].SetStringValue(DicomUid.GenerateUid().UID);
        //_baseDataSet[DicomTags.StudyDate].SetDateTime(0, _parent.StudyDate);
        //_baseDataSet[DicomTags.StudyTime].SetDateTime(0, _parent.StudyTime);
        //_baseDataSet[DicomTags.AccessionNumber].SetStringValue(_parent.AccessionNumber);
        //_baseDataSet[DicomTags.StudyDescription].SetStringValue(_parent.StudyDescription);


        //Patient
        _baseDataSet[DicomTags.PatientId].SetStringValue("PIDEEL");
        _baseDataSet[DicomTags.PatientsName].SetStringValue(String.Format("Moray^Eel^X-Ray"));
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsAddress].SetString (0,"Hubertus");
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsBirthDate].SetDateTime(0, DateTime.Now);
        //_baseDataSet[DicomTags.PatientsBirthDate].SetString(0, "19550512");

        _baseDataSet[DicomTags.PatientsSex].SetStringValue("O");

        //Study
        _baseDataSet[DicomTags.StudyInstanceUid].SetStringValue(DicomUid.GenerateUid().UID);
        _baseDataSet[DicomTags.StudyDate].SetDateTime(0, DateTime.Now);
        _baseDataSet[DicomTags.StudyTime].SetDateTime(0, DateTime.Now);
        _baseDataSet[DicomTags.AccessionNumber].SetStringValue("ACCEEL");
        _baseDataSet[DicomTags.StudyDescription].SetStringValue("X-Ray of a Moray Eel");

        _baseDataSet[DicomTags.ReferringPhysiciansName].SetNullValue();
        _baseDataSet[DicomTags.StudyId].SetNullValue();

        //Series
        _baseDataSet[DicomTags.SeriesInstanceUid].SetStringValue(DicomUid.GenerateUid().UID);
        _baseDataSet[DicomTags.Modality].SetStringValue("OT");
        _baseDataSet[DicomTags.SeriesNumber].SetStringValue("1");

        //SC Equipment
        _baseDataSet[DicomTags.ConversionType].SetStringValue("WSD");

        //General Image
        _baseDataSet[DicomTags.ImageType].SetStringValue(@"DERIVED\SECONDARY");
        _baseDataSet[DicomTags.PatientOrientation].SetNullValue();


        _baseDataSet[DicomTags.WindowWidth].SetStringValue("");
        _baseDataSet[DicomTags.WindowCenter].SetStringValue("");

        //Image Pixel
        if (rbMonoChrome.Checked )
        {
                _baseDataSet[DicomTags.SamplesPerPixel].SetInt32(0, 1);
                _baseDataSet[DicomTags.PhotometricInterpretation].SetStringValue("MONOCHROME2");
                _baseDataSet[DicomTags.BitsAllocated].SetInt32(0, 8);
                _baseDataSet[DicomTags.BitsStored].SetInt32(0, 8);
                _baseDataSet[DicomTags.HighBit].SetInt32(0, 7);
                _baseDataSet[DicomTags.PixelRepresentation].SetInt32(0, 0);
                _baseDataSet[DicomTags.PlanarConfiguration].SetInt32(0, 0);
        }
        if (rbColor.Checked)
        {
                _baseDataSet[DicomTags.SamplesPerPixel].SetInt32(0, 3);
                _baseDataSet[DicomTags.PhotometricInterpretation].SetStringValue("RGB");
                _baseDataSet[DicomTags.BitsAllocated].SetInt32(0, 8);
                _baseDataSet[DicomTags.BitsStored].SetInt32(0, 8);
                _baseDataSet[DicomTags.HighBit].SetInt32(0, 7);
                _baseDataSet[DicomTags.PixelRepresentation].SetInt32(0, 0);
                _baseDataSet[DicomTags.PlanarConfiguration].SetInt32(0, 0);
        }
    }



    private DicomFile ConvertImage(Bitmap image, int instanceNumber)
    {
        DicomUid sopInstanceUid = DicomUid.GenerateUid();

        string fileName = @"C:\test.dcm";// String.Format("{0}.dcm", sopInstanceUid.UID);
        //fileName = System.IO.Path.Combine(_tempFileDirectory, fileName);


        DicomFile dicomFile = new DicomFile(fileName, new DicomAttributeCollection(), _baseDataSet.Copy());

        //meta info
        dicomFile.MediaStorageSopInstanceUid = sopInstanceUid.UID;
        dicomFile.MediaStorageSopClassUid = SopClass.SecondaryCaptureImageStorageUid;

        //General Image
        dicomFile.DataSet[DicomTags.InstanceNumber].SetInt32(0, instanceNumber);

        DateTime now = Platform.Time;
        DateTime time = DateTime.MinValue.Add(new TimeSpan(now.Hour, now.Minute, now.Second));

        //SC Image
        dicomFile.DataSet[DicomTags.DateOfSecondaryCapture].SetDateTime(0, now);
        dicomFile.DataSet[DicomTags.TimeOfSecondaryCapture].SetDateTime(0, time);

        //Sop Common
        dicomFile.DataSet[DicomTags.InstanceCreationDate].SetDateTime(0, now);
        dicomFile.DataSet[DicomTags.InstanceCreationTime].SetDateTime(0, time);
        dicomFile.DataSet[DicomTags.SopInstanceUid].SetStringValue(sopInstanceUid.UID);

        //int rows, columns;
        //Image Pixel


        if (rbMonoChrome.Checked)
        {
            dicomFile.DataSet[DicomTags.PixelData].Values = GetMonochromePixelData(image, out rows, out columns);
        }

        if (rbColor.Checked)
        {
            dicomFile.DataSet[DicomTags.PixelData].Values = GetColorPixelData(image, out rows, out columns);
        }


        //Image Pixel
        dicomFile.DataSet[DicomTags.Rows].SetInt32(0, rows);
        dicomFile.DataSet[DicomTags.Columns].SetInt32(0, columns);

        return dicomFile;
    }



    private static byte[] GetMonochromePixelData(Bitmap image, out int rows, out int columns)
    {
        rows = image.Height;
        columns = image.Width;

        //At least one of rows or columns must be even.
        if (rows % 2 != 0 && columns % 2 != 0)
            --columns; //trim the last column.

        int size = rows * columns;
        //byte[] pixelData = MemoryManager.Allocate<byte>(size);
        byte[] pixelData = new byte[size];
        int i = 0;

        for (int row = 0; row < rows; ++row)
        {
            for (int column = 0; column < columns; column++)
            {
                pixelData[i++] = image.GetPixel(column, row).R;
            }
        }

        return pixelData;
    }



    private static byte[] GetColorPixelData(Bitmap image, out int rows, out int columns)
    {
        rows = image.Height;
        columns = image.Width;

        //At least one of rows or columns must be even.
        if (rows % 2 != 0 && columns % 2 != 0)
            --columns; //trim the last column.

        BitmapData data = image.LockBits(new Rectangle(0, 0, columns, rows), ImageLockMode.ReadOnly, image.PixelFormat);
        IntPtr bmpData = data.Scan0;

        try
        {
            int stride = columns * 3;
            int size = rows * stride;

            //byte[] pixelData = MemoryManager.Allocate<byte>(size);
            byte[] pixelData = new byte[size];

            for (int i = 0; i < rows; ++i)
                Marshal.Copy(new IntPtr(bmpData.ToInt64() + i * data.Stride), pixelData, i * stride, stride);

            //swap BGR to RGB
            SwapRedBlue(pixelData);
            return pixelData;
        }
        finally
        {
            image.UnlockBits(data);
        }
    }




private static Bitmap LoadImage(string file)
{
    Bitmap image = Image.FromFile(file, true) as Bitmap;
    if (image == null)
        throw new ArgumentException(String.Format("The specified file cannot be loaded as a bitmap {0}.", file));

    if (image.PixelFormat != PixelFormat.Format24bppRgb)
    {
        Platform.Log(LogLevel.Info, "Attempting to convert non RBG image to RGB ({0}) before converting to Dicom.", file);

        Bitmap old = image;
        using (old)
        {
            image = new Bitmap(old.Width, old.Height, PixelFormat.Format24bppRgb);
            using (Graphics g = Graphics.FromImage(image))
            {
                g.DrawImage(old, 0, 0, old.Width, old.Height);
            }
        }
    }

    return image;
}

private static void SwapRedBlue(byte[] pixels)
{
    for (int i = 0; i < pixels.Length; i += 3)
    {
        byte temp = pixels[i];
        pixels[i] = pixels[i + 2];
        pixels[i + 2] = temp;
    }
}