Entrez и SeqIO "не найдено записей в дескрипторе"

Question

Мой код выглядит так:

import re
from Bio import SeqIO
from Bio import Entrez

Entrez.email = "...@..." # My e-mail address

handle1 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2010, rettype="gb", retmode="text")
data1 = handle1.read()
handle1.close()
handle2 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2011, rettype="gb", retmode="text")
data2 = handle2.read()
handle2.close()
handle3 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2012, rettype="gb", retmode="text")
data3 = handle3.read()
handle3.close()
handle4 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2013, rettype="gb", retmode="text")
data4 = handle4.read()
handle4.close()
handle5 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2014, rettype="gb", retmode="text")
data5 = handle5.read()
handle5.close()
handle6 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2015, rettype="gb", retmode="text")
data6 = handle6.read()
handle6.close()

out_handle = open("test2.gb", "w")
out_handle.write(data1)
out_handle.write(data2)
out_handle.write(data3)
out_handle.write(data4)
out_handle.write(data5)
out_handle.write(data6)
out_handle.close()

in_handle = open("test2.gb", "r")
record = SeqIO.read(in_handle,"genbank")
in_handle.close()

От второй до последней строки выдает мне эту ошибку:

ValueError: No records found in handle

Мой файл выглядит нормально - он не пустой или ничего. Есть много записей, и, насколько я могу судить, это в правильном формате. Что именно я делаю не так?

Я заметил, что это работает с другими базами данных - "nuceleotide", например. Это проблема с Pubmed? Требуется ли для этого другой формат? Благодарю.

Answer 1

Вы пытаетесь разобрать неправильный формат. Когда вы запрашиваете "опубликованную" базу данных, вы получаете только реттипы medline, uilist или abstract. Тем не менее, вы спрашиваете о ретентах Genbank, что не имеет смысла в этом контексте.

Вместо этого вы можете использовать анализатор Medline:

from Bio import Medline

h1 = Entrez.efetch(db="pubmed",
                   id=["26837606"],
                   rettype="medline",
                   retmode="text")

for record in Medline.parse(h1):
    print(record["TI"])

Выходы

Exploiting the CRISPR/Cas9 System for Targeted Genome Mutagenesis in Petunia.