jags.parallel: установка меньшего количества кластеров, чем цепочек: "Ошибка в res[[ch]]: индекс за пределами"
У меня только 2-х ядерный процессор, поэтому логически я хочу установить только два параллельных потока / кластера для jags.parallel
, к сожалению, когда я пытаюсь это сделать, а количество цепочек равно 3 или 4, зазоры завершаются с ошибкой:
Ошибка в res[[ch]]: нижний индекс за пределами
Не допускается ли меньшее количество потоков (чем цепочки)?
Я не встречал такого утверждения в документации. В любом случае, не имеет смысла запускать 4 цепочки в 4 потоках / кластерах, когда ваш процессор имеет только 2 ядра! Потоки будут бороться за процессор, кэши не будут использоваться оптимально, и результат будет намного медленнее, чем использование только 2 потоков.
Полный код:
set.seed(123)
### 14.1.2. Data generation
n.site <- 10
x <- gl(n = 2, k = n.site, labels = c("grassland", "arable"))
eps <- rnorm(2*n.site, mean = 0, sd = 0.5)# Normal random effect
lambda.OD <- exp(0.69 +(0.92*(as.numeric(x)-1) + eps) )
lambda.Poisson <- exp(0.69 +(0.92*(as.numeric(x)-1)) ) # For comparison
C.OD <- rpois(n = 2*n.site, lambda = lambda.OD)
C.Poisson <- rpois(n = 2*n.site, lambda = lambda.Poisson)
### 14.1.4. Analysis using WinBUGS
# Define model
sink("Poisson.OD.t.test.txt")
cat("
model {
# Priors
alpha ~ dnorm(0,0.001)
beta ~ dnorm(0,0.001)
sigma ~ dunif(0, 10)
tau <- 1 / (sigma * sigma)
maybe_overdisp <- mean(exp_eps[])
# Likelihood
for (i in 1:n) {
C.OD[i] ~ dpois(lambda[i])
log(lambda[i]) <- alpha + beta *x[i] #+ eps[i]
eps[i] ~ dnorm(0, tau)
exp_eps[i] <- exp(eps[i])
}
}
",fill=TRUE)
sink()
# Bundle data
x = as.numeric(x)-1
n = length(x)
win.data <- list(C.OD = C.OD, x = as.numeric(x)-1, n = length(x))
# Inits function
inits <- function(){ list(alpha=rlnorm(1), beta=rlnorm(1), sigma = rlnorm(1))}
# Parameters to estimate
params <- c("lambda","alpha", "beta", "sigma", "maybe_overdisp")
# MCMC settings
nc <- 3 # Number of chains
ni <- 3000 # Number of draws from posterior per chain
nb <- 1000 # Number of draws to discard as burn-in
nt <- 5 # Thinning rate
require(R2jags)
# THIS WORKS FINE
out <- R2jags::jags(win.data, inits, params, "Poisson.OD.t.test.txt",
nc, ni, nb, nt);
# THIS PRODUCES ERROR
out <- do.call(jags.parallel, list(names(win.data), inits, params, "Poisson.OD.t.test.txt",
nc, ni, nb, nt, n.cluster = 2));