Использование функции оценки для MaxEntReplicates
Я использую функцию Maxent в пакете dismo для создания некоторых моделей распространения видов.
Обычно это работает:
single_model <- maxent(predictors, presence, args=c('jackknife=TRUE', 'randomseed=FALSE',"randomtestpoints=25"), path=output)
evaluate.model <- evaluate(presence1, background1, single_model, predictors)
но когда я создаю эту модель с копиями
rep_model <- maxent(predictors, presence, args=c('replicates=5', 'jackknife=TRUE', 'randomseed=FALSE'), path=output)
функция оценки не работает. Выдает ошибку
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function 'raster' for signature '"numeric"'
Есть идеи почему? или как это решить?
Вот воспроизводимый код:
r=raster(ncol=20,nrow=20)
r1=r
r2=r
r3=r
r1[]= 1:5
r2[]= 1:ncell(r)
r3[]= 1:20
r.stack= stack(r1,r2,r3)
p=randomPoints(r1,50)
single_model <- maxent(r.stack, p, args=c('jackknife=TRUE', 'randomseed=FALSE',"randomtestpoints=25"))
r4=r
r5=r
r6=r
r4[]= 30:40
r5[]= 1:ncell(r)
r6[]= 2:40
r.stack2= stack(r4,r5,r6)
p1=randomPoints(r1,50)
b1 <- randomPoints(r.stack2, 50)
evaluate.model <- evaluate(p1, b1, single_model, r.stack)
rep_model <- maxent(r.stack, p, args=c('replicates=5', 'jackknife=TRUE', 'randomseed=FALSE'))
evaluate.model2 <- evaluate(p1, b1, rep_model, r.stack)
1 ответ
Решение
Забавно, я нашел решение сразу после того, как разместил здесь. Я не смог найти ответ в Интернете, поэтому я опубликую его здесь для тех, кто может решить эту проблему.
rep_model@models[[1]]
с двумя скобками, подмножества работ. Для каждой модели можно использовать функцию оценки, а затем усреднить ее.