Суперкомпьютер: мертвый простой пример программы для запуска в суперкомпьютере

Question

Я учусь тому, как использовать суперкомпьютеры, чтобы эффективно использовать ресурсы. Допустим, у меня есть скрипт на python, который создаст текстовый файл с заданным случайным числом.

myfile.py

# Imports
import random,os

outdir = 'outputs'
if not os.path.exists(outdir):
    os.makedirs(outdir)

with open (outdir+'/temp.txt','w') as f :
    a = random.randint(0,9)
    f.write(str(a))

Это создаст только один текстовый файл на локальном компьютере.
Есть ли способ, которым я могу использовать несколько экземпляров этой программы, использовать несколько узлов и получить несколько выходов?

Я получил шаблон для mpiexec в программе на Си, который выглядит следующим образом, но я не смог найти шаблон для программы на Python.

#PBS -N my_job
#PBS -l walltime=0:10:00
#PBS -l nodes=4:ppn=12
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

mpicc -O2 mpi-hello.c -o mpi-hello

cp $PBS_O_WORKDIR/* $PFSDIR
cd $PFSDIR

mpiexec ./mpi-hello

cp $PFSDIR/* $PBS_O_WORKDIR

Примечание. На одном узле, использующем несколько ядер, я могу написать скрипт bash, например:

for i in `seq 1 10`;
    do
        python myfile.py && cp temp.txt outputs/out$i.txt &
    done

Но я хочу использовать разные узлы.
Требуемый вывод: output/ out1.txt, out2.txt, out3.txt и т. Д.

Некоторые связанные ссылки следующие:
https://www.osc.edu/sites/osc.edu/files/documentation/Batch%20Training%20-%2020150312%20-%20OSC.pdf
https://www.osc.edu/~kmanalo/multithreadedsubmission

Answer 1

Посмотрите по этой ссылке, это может решить вашу проблему

http://materials.jeremybejarano.com/MPIwithPython/introMPI.html

поэтому ваш код может быть примерно таким:

from mpi4py import MPI
import random,os

outdir = 'outputs'
comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

if not os.path.exists(outdir):
    os.makedirs(outdir)

with open (outdir+'/temp%s.txt' % rank,'w') as f :
    a = random.randint(0,9)
    f.write(str(a))

и файл PBS:

#!/bin/bash
################################################################################
#PBS -N myfile.py
#PBS -l nodes=7:ppn=4
#PBS -l walltime=30:30:00:00
#PBS -m bea
##PBS -M [e-mail]
###############################################################################

cores=$(awk 'END {print NR}' $PBS_NODEFILE)
mpirun -np $cores python myfile.py