Как объединить один файл с несколькими файлами в списке, чтобы создать несколько объединенных файлов в R, используя функцию цикла

Question

У меня есть список из 24 файлов PAIR. Я хотел бы объединить каждый файл PAIR с файлом NDF, создав 24 файла слияния pair-ndf. Цель состоит в том, чтобы написать каждый объединенный файл для извлечения информации из файла для создания файлов XYS. Однако здесь я пытаюсь выполнить функцию цикла, чтобы объединить файл NDF с каждым из 24 файлов PAIR.

#read in files
allfilesList=lapply(list.files(), read.delim, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)

#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#1
for(file in allfileslist){
if(!exists("dataset")){
dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t", as.is=TRUE)
}
for(file in allfileslist){
if(exists("dataset")){
temp_dataset=read.table(allfileslist, header=TRUE, sep="\t")
dataset=merge(file, ndf, by="PROBE_ID", temp_dataset)
rm(temp_dataset)
}
}
#read files in a list, and merge each file with ndf using loop function to merge, Attempt#2
for(i in 1:length(allfileslist)){
readnmerge=read.delim(file=paste(getwd(), allfileslist[i], sep="\t"), header=T)
dataMerge=merge(readnmerge, ndf, by="PROBE_ID")
}

Однако в обоих случаях кажется, что он повторяется только в одном файле, а IMAGE_ID - это первый столбец в каждом файле PAIR.

Я буду продолжать работать над этим. Хотя, если кто-то может предложить лучший способ, пожалуйста, ответьте. С уважением, Франклин

Answer 1

Это было некоторое время, поэтому я подумал, что помогу ответить на свой вопрос. Кроме того, я нашел пакеты pdInfoBuilder и Oligo в Биокондукторе. Есть способ конвертировать пару в xys файлы с использованием R. Я нашел этот пост здесь: Управление несколькими файлами в R, что было очень полезно.