Управление несколькими файлами в R

Я новичок в R и ищу код для работы с сотнями файлов, которые у меня под рукой. Это файлы.txt с несколькими строками нежелательного текста, за которыми следуют столбцы данных, выглядящие примерно так:

XXXXX 
XXXXX
XXXXX
Col1 Col2 Col3 Col4 Col5
1 36 37 35 36 
2 34 34 36 37 
. 
. 
1500 34 35 36 35

Я написал код (ниже) для извлечения выбранных строк столбцов 1 и 5 отдельного файла.txt и хотел бы сделать цикл для всех файлов, которые у меня есть.

data <- read.table(paste("/Users/tan/Desktop/test/01.txt"), skip =264, nrows = 932)
selcol<-c("V1", "V5")
write.table(data[selcol], file="/Users/tan/Desktop/test/01ed.txt", sep="\t")

С помощью приведенного выше кода файл.txt теперь выглядит следующим образом:

Col1 Col5  
300 34  
. 
. 
700 34

Если возможно, я бы хотел объединить все Col5.txt файлов с одним из столбца 1 (который одинаков для всех текстовых файлов), чтобы он выглядел примерно так:

Col1 Col5a Col5b Col5c Col5d ...
300 34 34 36 37
. 
. 
700 34 34 36 37

Спасибо! загар

Источник

1 ответ

Решение

Хорошо - я думаю, что я задал все ваши вопросы здесь, но дайте мне знать, если я что-то пропустил. Общий процесс, который мы пройдем здесь:

  1. Определите все файлы, которые мы хотим прочитать и обработать в нашем рабочем каталоге
  2. использование lapply перебирать каждое из этих имен файлов, чтобы создать один объект списка, содержащий все данные
  3. Выберите интересующие вас столбцы
  4. Объедините их вместе общим столбцом

Для примера рассмотрим четыре файла с именем file1.txt через file4.txt что все выглядит так:

    x           y          y2
1   1  2.44281173 -2.32777987
2   2 -0.32999022 -0.60991623
3   3  0.74954561  0.03761497
4   4 -0.44374491 -1.65062852
5   5  0.79140012  0.40717932
6   6 -0.38517329 -0.64859906
7   7  0.92959219 -1.27056731
8   8  0.47004041  2.52418636
9   9 -0.73437337  0.47071120
10 10  0.48385902  1.37193941

##1. identify files to read in
filesToProcess <- dir(pattern = "file.*\\.txt$")
> filesToProcess
[1] "file1.txt" "file2.txt" "file3.txt" "file4.txt"


##2. Iterate over each of those file names with lapply
listOfFiles <- lapply(filesToProcess, function(x) read.table(x, header = TRUE))

##3. Select columns x and y2 from each of the objects in our list
listOfFiles <- lapply(listOfFiles, function(z) z[c("x", "y2")])

##NOTE: you can combine steps 2 and 3 by passing in the colClasses parameter to read.table.
#That code would be:
listOfFiles <- lapply(filesToProcess, function(x) read.table(x, header = TRUE
  , colClasses = c("integer","NULL","numeric")))

##4. Merge all of the objects in the list together with Reduce. 
# x is the common columns to join on
out <- Reduce(function(x,y) {merge(x,y, by = "x")}, listOfFiles)
#clean up the column names
colnames(out) <- c("x", sub("\\.txt", "", filesToProcess))

Результаты в следующем:

> out
    x       file1        file2       file3        file4
1   1 -2.32777987 -0.671934857 -2.32777987 -0.671934857
2   2 -0.60991623 -0.822505224 -0.60991623 -0.822505224
3   3  0.03761497  0.049694686  0.03761497  0.049694686
4   4 -1.65062852 -1.173863215 -1.65062852 -1.173863215
5   5  0.40717932  1.189763270  0.40717932  1.189763270
6   6 -0.64859906  0.610462808 -0.64859906  0.610462808
7   7 -1.27056731  0.928107752 -1.27056731  0.928107752
8   8  2.52418636 -0.856625895  2.52418636 -0.856625895
9   9  0.47071120 -1.290480033  0.47071120 -1.290480033
10 10  1.37193941 -0.235659079  1.37193941 -0.235659079
Источник
Другие вопросы по тегам