ggbiplot - как не использовать векторы признаков в сюжете

Question

У меня есть набор данных $cell_line.sva с dim 313 11875.

cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale. = TRUE, retx = TRUE) 
g <- ggbiplot(cc.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = as.factor(cgpResponse), ellipse = TRUE, circle = FALSE)

Как я могу избавиться от названий функций? (красный текст)

Answer 1

Я не могу понять, как это даст полезный результат, но здесь все равно. Имена - это не то, что функция позволяет вам подавлять с помощью настроек параметров, по крайней мере, до моего прочтения кода и страницы справки. Таким образом, глядя на код, кажется, что метки для факторов извлекаются из элемента $ rotations объекта prcomp. Попытка установить все эти имена на пустой символ создала ошибку, поэтому мне удалось установить значение переменной длины пробелов.

data(wine)    # need a reproducible example so use the help page 
 wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))
# that was the equivalent of your plot
# Now change the input value

dimnames(wine.pca$rotation)[[1]] <- 
   Reduce(function(x,y) paste0(x,y),    # function to concatentate the lanks
          rep(" ",dim(wine.pca$rotation)[1]),   # corrrect number of blanks
           acc=TRUE)                    # save all intermediate strings
 print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, 
        ellipse = TRUE, circle = TRUE))
 #Look, Ma! No labels

Answer 2

Я не могу просто комментировать, потому что у меня еще нет необходимых очков репутации, но удаление стрелок и имен работает довольно легко, установив var.axes ложно:

ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = wine.class, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE, var.axes=FALSE)

Answer 3

Вам нужно использовать аргумент varname.size, чтобы сделать это.

Используя пример из документации:

data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))

и затем добавьте аргумент varname.size:

print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
               varname.size=0)) #set it to zero

И у вас есть то, что вы хотите!

Answer 4

Хорошо, так что я делаю это очень грубо, выполняя свою работу.

    print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,
           groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
           varname.size=0, varname.adjust = 20))

Он просто устанавливает смещение для имен переменных за пределы графика.