ggdendrogram вращается с метками оси ggplot на правой стороне для использования в графике
Я пытаюсь создать правильную дендрограмму в R с ggplot2 (более конкретно ggdendro::ggdendrogram
) потому что я хотел бы поделиться им с коллегами по графике, и в настоящее время я не думаю, что с помощью API можно сгенерировать дендрограмму с помощью графика.
В основном у меня возникают проблемы с маркировкой "оси" при повороте дендрограммы:
require(ggplot2)
require(ggdendro)
hc<-hclust(dist(iris[,1:4]),method="ward.D2")
ggd<-ggdendrogram(hc,rotate=TRUE)
ggd+scale_y_reverse()
Это приводит к следующему графику, где метки тиков находятся на неправильной стороне:
Я хотел бы получить аналогичный результат, как из базовой графики R при выполнении plot(as.dendrogram(hc),horiz=TRUE)
В качестве бонуса я хотел бы иметь возможность раскрашивать листовые (галочки) надписи отдельно, а также рисовать rect.hclust
как коробки, но это не обязательно. Я немного разбираюсь в синтаксисе ggplot2, поэтому нет необходимости подробно объяснять каждое возможное решение.
Если уместно, пожалуйста, найдите мой sessionInfo()
ниже я использую R через сервер Rstudio на сервере Ubuntu 12.04 LTS:
sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C LC_COLLATE=C LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=C LC_PAPER=C
[8] LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggdendro_0.1-14 cluster_1.15.2 plotly_0.4 RJSONIO_1.2-0.2 RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 devtools_1.5
[8] extrafont_0.16 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.4 vegan_2.0-10 lattice_0.20-29 permute_0.8-3 splitstackshape_1.2.0
[15] data.table_1.9.2 BurStMisc_1.00 reshape2_1.4 xlsx_0.5.5 xlsxjars_0.6.0 rJava_0.9-6 ggplot2_0.9.3.1
[22] plyr_1.8.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] MASS_7.3-32 Rcpp_0.11.1 Rttf2pt1_1.3 colorspace_1.2-4 digest_0.6.4 evaluate_0.5.5 extrafontdb_1.0 formatR_0.10 grid_3.1.0
[10] gtable_0.1.2 httr_0.3 knitr_1.6 labeling_0.2 memoise_0.2.1 munsell_0.4.2 parallel_3.1.0 proto_0.3-10 stringr_0.6.2
[19] tools_3.1.0 whisker_0.3-2