Эквивалент именованного списка в доступе rpy2/dataframe
Я пытаюсь повторить пример из пакета MNP в R из rpy2 двумя разными способами. Во первых, я просто использую robjects.r со строкой, которая точно копирует и вставляет код R:
import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
import rpy2.robjects.pandas2ri
import rpy2.robjects.packages as rpackages
robjects.pandas2ri.activate()
mnp = rpackages.importr('MNP')
base = rpackages.importr('base')
r = robjects.r
r.data('detergent')
rcmd = '''\
mnp(choice ~ 1, choiceX = list(Surf=SurfPrice, Tide=TidePrice,
Wisk=WiskPrice, EraPlus=EraPlusPrice,
Solo=SoloPrice, All=AllPrice),
cXnames = "price", data = detergent, n.draws = 500, burnin = 100,
thin = 3, verbose = TRUE)'''
res = r(rcmd)
Это прекрасно работает и воспроизводит то, что я могу сделать непосредственно в R. Я также хотел попробовать запустить этот код, используя доступные для Python объекты, передавая данные из фрейма данных:
import rpy2.rlike.container as rlc
df = robjects.pandas2ri.ri2py(r['detergent'])
choiceX = rlc.TaggedList(['SurfPrice', 'TidePrice', 'WiskPrice', 'EraPlusPrice', 'SoloPrice', 'AllPrice'],
tags=('Surf', 'Tide', 'Wisk', 'EraPlus', 'Solo', 'All'))
res = mnp.mnp('choice ~ 1',
choiceX=['SurfPrice', 'TidePrice', 'WiskPrice', 'EraPlusPrice', 'SoloPrice', 'AllPrice'],
cXnames='price',
data=df, n_draws=500, burnin=100,
thin=3, verbose=True)
Это терпит неудачу с ошибкой:
Error in xmatrix.mnp(formula, data = eval.parent(data), choiceX = call$choiceX, :
Error: Invalid input for `choiceX.'
You must specify the choice-specific varaibles at least for all non-base categories.
Замена другого именованного списка R тегом rpy2 была предложена в другом ответе SO. Если я удалю choiceX а также cXnames аргументы для MNP (они являются необязательными), код запускается, поэтому похоже, что кадр данных pandas передается корректно.
Я не уверен, что TaggedList неправильно интерпретируется как именованный список, как только он попадает в R, или есть какая-то проблема с MNP, не связывающим содержимое choiceX с кадром данных панд.
У кого-нибудь есть идеи о том, что здесь может происходить?
Обновить
Следуя предложению @ lgautier, я изменил свой код на:
choiceX = rlc.TaggedList([base.as_symbol('SurfPrice'), base.as_symbol('TidePrice'),
base.as_symbol('WiskPrice'), base.as_symbol('EraPlusPrice'),
base.as_symbol('SoloPrice'), base.as_symbol('AllPrice')],
tags=('Surf', 'Tide', 'Wisk', 'EraPlus', 'Solo', 'All'))
res = mnp.mnp(robjects.Formula('choice ~ 1'),
choiceX=choiceX,
cXnames='price',
data=df, n_draws=500, burnin=100,
thin=3, verbose=True)
Однако я получаю ту же ошибку, что и ранее.
Обновление 2
После обходного пути, предложенного @lgautier, следующий код:
choiceX = rlc.TaggedList([base.as_symbol('SurfPrice'),
base.as_symbol('TidePrice'),
base.as_symbol('WiskPrice'),
base.as_symbol('EraPlusPrice'),
base.as_symbol('SoloPrice'),
base.as_symbol('AllPrice')],
tags=('Surf', 'Tide', 'Wisk',
'EraPlus', 'Solo', 'All'))
choiceX = robjects.conversion.py2ro(choiceX)
# add the names
choiceX.names = robjects.vectors.StrVector(('Surf', 'Tide',
'Wisk', 'EraPlus',
'Solo', 'All'))
res = mnp.mnp(robjects.Formula('choice ~ 1'),
choiceX=choiceX,
cXnames='price',
data=df, n_draws=500, burnin=100,
thin=3, verbose=True)
По-прежнему выдает ошибку (хотя и другую):
Error in as.vector(x, mode) :
cannot coerce type 'symbol' to vector of type 'any'
---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-21-7de5ad805801> in <module>()
3 cXnames='price',
4 data=df, n_draws=500, burnin=100,
----> 5 thin=3, verbose=True)
/Users/lev/anaconda/envs/rmnptest/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.5.6-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs)
168 v = kwargs.pop(k)
169 kwargs[r_k] = v
--> 170 return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
171
172 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}')
/Users/lev/anaconda/envs/rmnptest/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.5.6-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs)
98 for k, v in kwargs.items():
99 new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
--> 100 res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
101 res = conversion.ri2ro(res)
102 return res
RRuntimeError: Error in as.vector(x, mode) :
cannot coerce type 'symbol' to vector of type 'any'
1 ответ
Код Python не соответствует вашему R. Вы поняли это, так как вы публикуете, так что подробности ниже. Суть в том, что символы R и строки Python не эквивалентны (хотя R вводит в заблуждение своих пользователей, позволяя в обоих случаях использовать оба - например, оба library("MNP") а также library(MNP) буду работать).
Это мало чем отличается от этого вопроса: pandas и rpy2: почему ezANOVA работает через robjects.r, а не robjects.packages.importr?
...Кроме этого choiceX будет не оцененным выражением R, а не просто символом.
Код R:
data(detergent)
mnp(choice ~ 1,
# ^- this is a "formula", which is an expression in R
choiceX = list(Surf=SurfPrice, Tide=TidePrice,
Wisk=WiskPrice, EraPlus=EraPlusPrice,
Solo=SoloPrice, All=AllPrice),
# ^- this is a list of objects, but with the cautionary note
# that R evaluates expressions in argument lazily. Therefore
# the safest is to have it as an R expression (it may or may
# not work if evaluated, but this depends on the code in
# `mnp`)
cXnames = "price",
# ^- this is a string
data = detergent,
n.draws = 500, burnin = 100,
thin = 3, verbose = TRUE)
Питон у вас есть (с комментариями о различиях):
choiceX = rlc.TaggedList(['SurfPrice', 'TidePrice', 'WiskPrice',
'EraPlusPrice', 'SoloPrice', 'AllPrice'],
tags=('Surf', 'Tide', 'Wisk',
'EraPlus', 'Solo', 'All'))
# ^- this is a "tagged list", and the R equivalent would be
# list(Surf="SurfPrice", Tide="TidePrice", Wisk="WiskPrice",
# EraPlus="EraPlusPrice", Solo="SoloPrice", All="AllPrice")
# Something closer to your R code above would be:
# rlc.TaggedList([as_symbol('SurfPrice'), as_symbol('TidePrice'),
# ...
# tags=('Surf', 'Tide', ...))
res = mnp.mnp('choice ~ 1',
# ^- this is a string. To make it an R formula, do
# robjects.Formula('choice ~ 1')
choiceX=['SurfPrice', 'TidePrice', 'WiskPrice',
'EraPlusPrice', 'SoloPrice', 'AllPrice'],
# ^- this should be choiceX defined above, I guess
cXnames='price',
# ^- this is a string, like in R
data=df,
n_draws=500, burnin=100,
thin=3, verbose=True)
Редактировать:
Теперь это означает, что следующее должно работать
choiceX = robjects.rinterface.parse("""
list(Surf=SurfPrice, Tide=TidePrice,
Wisk=WiskPrice, EraPlus=EraPlusPrice,
Solo=SoloPrice, All=AllPrice)""")
В настоящее время rpy2 не предлагает много полезности для построения выражений R. Если имена переменных являются параметрами на уровне Python, вы можете рассмотреть что-то вроде:
rcode = 'list('+''.join('%s=%s' % (k,v) \
for k,v in \
(('Surf','SurfPrice'),
('Tide', 'TidePrice'),
('Wisk','WiskPrice'),
('EraPlus','EraPlusPrice'),
('Solo','SoloPrice'),
('All','AllPrice'))) + ')'
choiceX = robjects.rinterface.parse(rcode)