Изменения в сообществе насекомых с течением времени с использованием PERMANOVA, должен ли я включать вложенный эффект? Какой самый лучший код
У меня есть набор данных о составе сообщества насекомых (17 видов насекомых, необработанные данные о численности, отобранные 5 раз в течение 60 дней в 24 резервуарах ( 4 повторения). Было проведено 3 обработки (свободная рыба, рыба в клетке, отсутствующая рыба), связанная с 2 уровни (открытые и закрытые резервуары) для каждой обработки. И мой вопрос: меняется ли состав сообщества и разнообразие с течением времени? И если да, то отличаются ли эти изменения при разных обработках?
Я решил ответить на этот вопрос с помощью ПЕРМАНОВА. Мой следующий вопрос - выбрать лучший код для него. Поскольку я должен учитывать изменение во времени при разных обработках и то, что я, возможно, имею вложенный эффект (разные уровни открытых и закрытых резервуаров), я не понимаю, какие символы использовать для решения своей вложенности, поскольку я прочитал это я могу просто использовать термин "страта = группа" или просто положить "/" в моей формуле
(X~ обработка * время; x~ обработка / время; или x ~ обработка, страты = время)
Мои коды:
fisheats<-adonis (tfish ~ tfish $ fishtreatment * tfish $ Time_days, method = "bray", permutations = 999)
fishnest<-adonis (tfish ~ tfish $ fishtreatment / tfish $ Time_days, method = "bray", permutations = 999)
fisheats2<-adonis (tfish ~ tfish $ fishtreatment, method = "bray", перестановки = 999, strata = tfish $ Time_days)
Какой код является предпочтительным кодом для ответа на мой вопрос?
Мои результаты: result1 result2 result3 Предварительный просмотр набора данных