HMM для нескольких временных рядов различной длины
У меня есть набор из нескольких временных рядов для каждой группы эксперимента, который я хочу сравнить, и я хочу описать поведение частиц в зависимости от состояния, в котором они находятся.
С пакетом depmixS4 я могу легко уместить один временной ряд, но они слишком короткие и содержат слишком мало вариаций, чтобы дать какую-либо полезную описательную статистику (например, вся трасса может иметь только 1 или 2 перехода состояний).
Можно ли каким-то образом (хотя и статистически достоверно) применять HMM к нескольким последовательностям разной длины в качестве предоставленного примера для описания поведения групп?
Пример данных:
track_id frame steplength condition
<fctr> <int> <dbl> <fctr>
1 21015A 1 0.00000000 pH 7.8
2 21015A 2 0.95475173 pH 7.8
3 21015A 3 0.22495888 pH 7.8
4 21015A 4 0.22377790 pH 7.8
5 21015A 5 0.17043093 pH 7.8
6 21015A 6 0.05642755 pH 7.8
7 21015A 7 0.17542212 pH 7.8
8 21015A 8 0.13407864 pH 7.8
9 21015A 9 0.07291593 pH 7.8
10 21015A 10 0.06758305 pH 7.8
11 21015A 11 0.09533805 pH 7.8
12 21015A 12 0.16611745 pH 7.8
13 21015A 13 0.10443396 pH 7.8
14 21015A 14 0.02220178 pH 7.8
15 21015A 15 0.12547629 pH 7.8
16 21015A 16 0.10354815 pH 7.8
17 21015A 17 0.26636457 pH 7.8
18 21015A 18 0.31292069 pH 7.8
19 28159A 1 0.00000000 pH 7.8
20 28159A 2 0.95900496 pH 7.8
21 28159A 3 0.23238272 pH 7.8
22 28159A 4 0.09977546 pH 7.8
23 28159A 5 0.81910999 pH 7.8
24 28159A 6 0.25688508 pH 7.8
25 28159A 7 0.78828766 pH 7.8
26 28159A 8 0.92156411 pH 7.8
27 28159A 9 0.12172240 pH 7.8
28 28159A 10 0.26770810 pH 7.8
29 28159A 11 0.40067941 pH 7.8
30 28159A 12 0.20093836 pH 7.8
31 28159A 13 0.94831115 pH 7.8
32 28159A 14 0.73296074 pH 7.8
33 28159A 15 0.21240673 pH 7.8
34 28159A 16 0.90103120 pH 7.8
35 28159A 17 0.92942744 pH 7.8
36 28159A 18 0.53607093 pH 7.8
37 28159A 19 0.90858258 pH 7.8
38 13600B 1 0.00000000 pH 7.8
39 13600B 2 0.87908538 pH 7.8
40 13600B 3 0.62942457 pH 7.8
41 13600B 4 0.66744765 pH 7.8
42 13600B 5 0.71691440 pH 7.8
43 13600B 6 0.64046385 pH 7.8
44 13600B 7 0.25856434 pH 7.8
45 13600B 8 0.28124370 pH 7.8
46 13600B 9 0.40112227 pH 7.8
47 13600B 10 0.67924165 pH 7.8
48 13600B 11 0.60165390 pH 7.8
49 13600B 12 0.87197611 pH 7.8
50 13600B 13 0.89870192 pH 7.8
51 13600B 14 0.35304406 pH 7.8
52 13600B 15 0.68034008 pH 7.8
53 13600B 16 0.24958022 pH 7.8
54 13600B 17 0.24944000 pH 7.8
55 13600B 18 0.68230732 pH 7.8
56 13600B 19 0.82468295 pH 7.8
57 13600B 20 0.95994077 pH 7.8
58 17251B 1 0.00000000 pH 7.8
59 17251B 2 0.49783219 pH 7.8
60 17251B 3 0.36760485 pH 7.8
61 17251B 4 0.48471362 pH 7.8
62 17251B 5 0.82246223 pH 7.8
63 17251B 6 0.45872818 pH 7.8
64 17251B 7 0.85831869 pH 7.8
65 17251B 8 0.75879929 pH 7.8
66 17251B 9 0.21361300 pH 7.8
67 17251B 10 0.16443686 pH 7.8
68 17251B 11 0.12069282 pH 7.8
69 17251B 12 0.79570678 pH 7.8
70 17251B 13 0.62048202 pH 7.8
71 17251B 14 0.20564776 pH 7.8
72 17251B 15 0.58574733 pH 7.8
73 17251B 16 0.87558161 pH 7.8
74 20992B 1 0.00000000 pH 7.8
75 20992B 2 0.67524054 pH 7.8
76 20992B 3 0.48413085 pH 7.8
77 20992B 4 0.60150589 pH 7.8
78 20992B 5 0.85905918 pH 7.8
79 20992B 6 0.31254149 pH 7.8
80 20992B 7 0.71813937 pH 7.8
81 20992B 8 0.14237898 pH 7.8
82 20992B 9 0.18548305 pH 7.8
83 20992B 10 0.26960475 pH 7.8
84 20992B 11 0.39545306 pH 7.8
85 20992B 12 0.13345209 pH 7.8
86 20992B 13 0.09430367 pH 7.8
87 20992B 14 0.07466136 pH 7.8
88 20992B 15 0.21563522 pH 7.8
89 20992B 16 0.10843926 pH 7.8
90 20992B 17 0.04246758 pH 7.8
91 20992B 18 0.12772479 pH 7.8
92 20992B 19 0.26755821 pH 7.8
93 20992B 20 0.13206399 pH 7.8
94 20992B 21 0.05596412 pH 7.8
95 20992B 22 0.10777590 pH 7.8
96 20992B 23 0.08224530 pH 7.8
97 20992B 24 0.39681568 pH 7.8
98 20992B 25 0.55013082 pH 7.8
99 20992B 26 0.23321302 pH 7.8
100 20992B 27 0.25409129 pH 7.8
101 20992B 28 0.16079712 pH 7.8
102 20992B 29 0.10654253 pH 7.8
103 20992B 30 0.10887321 pH 7.8
104 20992B 31 0.10310689 pH 7.8
105 20992B 32 0.04918907 pH 7.8
106 20992B 33 0.08857568 pH 7.8
107 20992B 34 0.05057029 pH 7.8
108 20992B 35 0.09314572 pH 7.8
109 20992B 36 0.10941719 pH 7.8
110 20992B 37 0.14745186 pH 7.8
111 20992B 38 0.08173773 pH 7.8
112 20992B 39 0.06002999 pH 7.8
113 20992B 40 0.13886600 pH 7.8
114 20992B 41 0.20743972 pH 7.8
115 20992B 42 0.16996468 pH 7.8
116 20992B 43 0.24178652 pH 7.8
117 20992B 44 0.43204626 pH 7.8
118 21051B 1 0.00000000 pH 7.8
119 21051B 2 0.15856285 pH 7.8
120 21051B 3 0.18664926 pH 7.8
121 21051B 4 0.69785503 pH 7.8
122 21051B 5 0.75580210 pH 7.8
123 21051B 6 0.41164971 pH 7.8
124 21051B 7 0.52517229 pH 7.8
125 21051B 8 0.64111855 pH 7.8
126 21051B 9 0.21459416 pH 7.8
127 21051B 10 0.50414805 pH 7.8
128 21051B 11 0.60942178 pH 7.8
129 21051B 12 0.79580454 pH 7.8
130 21051B 13 0.24508781 pH 7.8
131 21051B 14 0.94284153 pH 7.8
132 21051B 15 0.57121663 pH 7.8
133 21051B 16 0.26585843 pH 7.8
134 21051B 17 0.56708164 pH 7.8
135 22878B 1 0.00000000 pH 7.8
136 22878B 2 0.88523396 pH 7.8
137 22878B 3 0.15809572 pH 7.8
138 22878B 4 0.05604665 pH 7.8
139 22878B 5 0.05199143 pH 7.8
140 22878B 6 0.05623043 pH 7.8
141 22878B 7 0.26054153 pH 7.8
142 22878B 8 0.22959704 pH 7.8
143 22878B 9 0.22572947 pH 7.8
144 22878B 10 0.23783136 pH 7.8
145 22878B 11 0.06596497 pH 7.8
146 22878B 12 0.06748562 pH 7.8
147 22878B 13 0.16013917 pH 7.8
148 22878B 14 0.06314859 pH 7.8
149 22878B 15 0.82603830 pH 7.8
150 22878B 16 0.84796499 pH 7.8
151 15613C 1 0.00000000 pH 7.8
152 15613C 2 0.45651425 pH 7.8
153 15613C 3 0.30087472 pH 7.8
154 15613C 4 0.49968861 pH 7.8
155 15613C 5 0.47793610 pH 7.8
156 15613C 6 0.88761604 pH 7.8
157 15613C 7 0.14207819 pH 7.8
158 15613C 8 0.02262178 pH 7.8
159 15613C 9 0.25745317 pH 7.8
160 15613C 10 0.22933344 pH 7.8
161 15613C 11 0.04626455 pH 7.8
162 15613C 12 0.11803396 pH 7.8
163 15613C 13 0.14175595 pH 7.8
164 15613C 14 0.24253581 pH 7.8
165 15613C 15 0.28807616 pH 7.8
166 15613C 16 0.31963949 pH 7.8
167 15613C 17 0.21889348 pH 7.8
168 15613C 18 0.46647481 pH 7.8
169 15613C 19 0.16754681 pH 7.8
170 15613C 20 0.13843759 pH 7.8
171 15613C 21 0.21332824 pH 7.8
172 15613C 22 0.22492601 pH 7.8
173 15613C 23 0.22119060 pH 7.8
174 15613C 24 0.17748138 pH 7.8
175 15613C 25 0.41248344 pH 7.8
176 17012C 1 0.00000000 pH 7.8
177 17012C 2 0.35007721 pH 7.8
178 17012C 3 0.83836238 pH 7.8
179 17012C 4 0.12498104 pH 7.8
180 17012C 5 0.60547775 pH 7.8
181 17012C 6 0.64549343 pH 7.8
182 17012C 7 0.80107605 pH 7.8
183 17012C 8 0.37467350 pH 7.8
184 17012C 9 0.18249931 pH 7.8
185 17012C 10 0.29221793 pH 7.8
186 17012C 11 0.90794044 pH 7.8
187 17012C 12 0.80162778 pH 7.8
188 17012C 13 0.22684907 pH 7.8
189 17012C 14 0.63475637 pH 7.8
190 17012C 15 0.77960353 pH 7.8
191 17012C 16 0.21149525 pH 7.8
192 17012C 17 0.59882314 pH 7.8
193 17012C 18 0.64282854 pH 7.8
194 17012C 19 0.27128529 pH 7.8
195 17012C 20 0.37947076 pH 7.8
196 17012C 21 0.32288263 pH 7.8
197 17012C 22 0.23507265 pH 7.8
198 17012C 23 0.66999674 pH 7.8
199 16205E 1 0.00000000 pH 7.8
200 16205E 2 0.09530848 pH 7.8
201 16205E 3 0.17581441 pH 7.8
202 16205E 4 0.16373008 pH 7.8
203 16205E 5 0.19333740 pH 7.8
204 16205E 6 0.56345662 pH 7.8
205 16205E 7 0.35314371 pH 7.8
206 16205E 8 0.10429839 pH 7.8
207 16205E 9 0.28600095 pH 7.8
208 16205E 10 0.20532890 pH 7.8
209 16205E 11 0.24797560 pH 7.8
210 16205E 12 0.42435678 pH 7.8
211 16205E 13 0.23010161 pH 7.8
212 16205E 14 0.09550116 pH 7.8
213 16205E 15 0.27402161 pH 7.8
214 16205E 16 0.32397273 pH 7.8
215 16205E 17 0.44268867 pH 7.8
216 16205E 18 0.23834322 pH 7.8
217 16205E 19 0.37878350 pH 7.8
218 16205E 20 0.37576286 pH 7.8
219 16205E 21 0.50450438 pH 7.8
220 16205E 22 0.17414906 pH 7.8
221 16205E 23 0.24941509 pH 7.8
222 16205E 24 0.18587707 pH 7.8
223 16205E 25 0.75289268 pH 7.8
224 16205E 26 0.77726300 pH 7.8
225 16205E 27 0.39877986 pH 7.8
226 16205E 28 0.58319069 pH 7.8
227 16205E 29 0.64957893 pH 7.8
228 16205E 30 0.13684108 pH 7.8
229 16205E 31 0.00988737 pH 7.8
230 16205E 32 0.10749816 pH 7.8
231 16205E 33 0.21750341 pH 7.8
232 16205E 34 0.25509511 pH 7.8
233 16205E 35 0.08930492 pH 7.8
234 16205E 36 0.16768898 pH 7.8
235 16205E 37 0.22072275 pH 7.8
236 16205E 38 0.10166999 pH 7.8
237 16205E 39 0.17357192 pH 7.8
238 16205E 40 0.20035468 pH 7.8
239 16205E 41 0.38443699 pH 7.8
240 15677A 1 0.00000000 pH 9
241 15677A 2 0.74719242 pH 9
242 15677A 3 0.71441746 pH 9
243 15677A 4 0.80413896 pH 9
244 15677A 5 0.63581502 pH 9
245 15677A 6 0.45302006 pH 9
246 15677A 7 0.20097245 pH 9
247 15677A 8 0.42753395 pH 9
248 15677A 9 0.87014812 pH 9
249 15677A 10 0.60552091 pH 9
250 15677A 11 0.57297228 pH 9
251 15677A 12 0.64725567 pH 9
252 15677A 13 0.38703559 pH 9
253 15677A 14 0.76490806 pH 9
254 15677A 15 0.81037376 pH 9
255 15677A 16 0.35965996 pH 9
256 15677A 17 0.15057120 pH 9
257 30107A 1 0.00000000 pH 9
258 30107A 2 0.40986829 pH 9
259 30107A 3 0.33081624 pH 9
260 30107A 4 0.27757424 pH 9
261 30107A 5 0.44207100 pH 9
262 30107A 6 0.13499497 pH 9
263 30107A 7 0.22253359 pH 9
264 30107A 8 0.12261432 pH 9
265 30107A 9 0.24577569 pH 9
266 30107A 10 0.47248811 pH 9
267 30107A 11 0.25905970 pH 9
268 30107A 12 0.29059163 pH 9
269 30107A 13 0.47722354 pH 9
270 30107A 14 0.76536020 pH 9
271 30107A 15 0.22788593 pH 9
272 30107A 16 0.28258634 pH 9
273 30107A 17 0.24756205 pH 9
274 12058B 1 0.00000000 pH 9
275 12058B 2 0.69424034 pH 9
276 12058B 3 0.59369383 pH 9
277 12058B 4 0.87034777 pH 9
278 12058B 5 0.31016502 pH 9
279 12058B 6 0.55551818 pH 9
280 12058B 7 0.53941741 pH 9
281 12058B 8 0.81313682 pH 9
282 12058B 9 0.46162957 pH 9
283 12058B 10 0.44886047 pH 9
284 12058B 11 0.58591678 pH 9
285 12058B 12 0.95242265 pH 9
286 12058B 13 0.71509873 pH 9
287 12058B 14 0.43981576 pH 9
288 12058B 15 0.48502996 pH 9
289 12058B 16 0.28299509 pH 9
290 12058B 17 0.80351370 pH 9
291 12058B 18 0.29462494 pH 9
292 32683B 1 0.00000000 pH 9
293 32683B 2 0.51535572 pH 9
294 32683B 3 0.84273169 pH 9
295 32683B 4 0.94923571 pH 9
296 32683B 5 0.70697780 pH 9
297 32683B 6 0.71657686 pH 9
298 32683B 7 0.21957302 pH 9
299 32683B 8 0.30260669 pH 9
300 32683B 9 0.89397219 pH 9
301 32683B 10 0.51712813 pH 9
302 32683B 11 0.34476385 pH 9
303 32683B 12 0.46081555 pH 9
304 32683B 13 0.27992732 pH 9
305 32683B 14 0.43642920 pH 9
306 32683B 15 0.50387904 pH 9
307 32683B 16 0.62153897 pH 9
308 32683B 17 0.55935740 pH 9
309 34868B 1 0.00000000 pH 9
310 34868B 2 0.65033330 pH 9
311 34868B 3 0.11056894 pH 9
312 34868B 4 0.33683853 pH 9
313 34868B 5 0.76494063 pH 9
314 34868B 6 0.78233805 pH 9
315 34868B 7 0.18280291 pH 9
316 34868B 8 0.57439957 pH 9
317 34868B 9 0.36011108 pH 9
318 34868B 10 0.76025755 pH 9
319 34868B 11 0.73095309 pH 9
320 34868B 12 0.91688957 pH 9
321 34868B 13 0.24354734 pH 9
322 34868B 14 0.77688990 pH 9
323 34868B 15 0.95106263 pH 9
324 34868B 16 0.54385432 pH 9
325 5692C 1 0.00000000 pH 9
326 5692C 2 0.77917762 pH 9
327 5692C 3 0.51222728 pH 9
328 5692C 4 0.82213710 pH 9
329 5692C 5 0.54802370 pH 9
330 5692C 6 0.20234740 pH 9
331 5692C 7 0.24018563 pH 9
332 5692C 8 0.14765969 pH 9
333 5692C 9 0.08492065 pH 9
334 5692C 10 0.02011456 pH 9
335 5692C 11 0.05562570 pH 9
336 5692C 12 0.01094203 pH 9
337 5692C 13 0.05361751 pH 9
338 5692C 14 0.07530542 pH 9
339 5692C 15 0.05207479 pH 9
340 5692C 16 0.05136302 pH 9
341 5692C 17 0.01164088 pH 9
342 5692C 18 0.03289228 pH 9
343 5692C 19 0.00220202 pH 9
344 5692C 20 0.06196600 pH 9
345 54413C 1 0.00000000 pH 9
346 54413C 2 0.81489124 pH 9
347 54413C 3 0.50065140 pH 9
348 54413C 4 0.47126512 pH 9
349 54413C 5 0.52694021 pH 9
350 54413C 6 0.79088585 pH 9
351 54413C 7 0.50507849 pH 9
352 54413C 8 0.56040159 pH 9
353 54413C 9 0.83034350 pH 9
354 54413C 10 0.48197041 pH 9
355 54413C 11 0.75997088 pH 9
356 54413C 12 0.41635746 pH 9
357 54413C 13 0.66789980 pH 9
358 54413C 14 0.55000497 pH 9
359 54413C 15 0.71769196 pH 9
360 54413C 16 0.37110810 pH 9
361 54413C 17 0.30916870 pH 9
362 54413C 18 0.43760609 pH 9
363 5274D 1 0.00000000 pH 9
364 5274D 2 0.59553117 pH 9
365 5274D 3 0.59543134 pH 9
366 5274D 4 0.76713324 pH 9
367 5274D 5 0.91305342 pH 9
368 5274D 6 0.74629559 pH 9
369 5274D 7 0.57896386 pH 9
370 5274D 8 0.79990968 pH 9
371 5274D 9 0.68832108 pH 9
372 5274D 10 0.31907597 pH 9
373 5274D 11 0.54530503 pH 9
374 5274D 12 0.63859079 pH 9
375 5274D 13 0.18348335 pH 9
376 5274D 14 0.76970163 pH 9
377 5274D 15 0.25392009 pH 9
378 5274D 16 0.64914459 pH 9
379 5274D 17 0.61852933 pH 9
380 5274D 18 0.55929106 pH 9
381 5274D 19 0.47499277 pH 9
382 5274D 20 0.79403146 pH 9
383 5274D 21 0.90888779 pH 9
384 5274D 22 0.14803973 pH 9
385 5274D 23 0.52374221 pH 9
386 5274D 24 0.22724479 pH 9
387 27324D 1 0.00000000 pH 9
388 27324D 2 0.64467962 pH 9
389 27324D 3 0.48257792 pH 9
390 27324D 4 0.92754743 pH 9
391 27324D 5 0.68940088 pH 9
392 27324D 6 0.91497501 pH 9
393 27324D 7 0.38496064 pH 9
394 27324D 8 0.17318844 pH 9
395 27324D 9 0.50268424 pH 9
396 27324D 10 0.21927692 pH 9
397 27324D 11 0.19539169 pH 9
398 27324D 12 0.56253043 pH 9
399 27324D 13 0.08783290 pH 9
400 27324D 14 0.60487929 pH 9
401 27324D 15 0.12009344 pH 9
402 27324D 16 0.07259841 pH 9
403 27324D 17 0.48625488 pH 9
404 27324D 18 0.62431128 pH 9
405 27324D 19 0.17160649 pH 9
406 43194E 1 0.00000000 pH 9
407 43194E 2 0.78005602 pH 9
408 43194E 3 0.32841336 pH 9
409 43194E 4 0.32223727 pH 9
410 43194E 5 0.32956133 pH 9
411 43194E 6 0.57378270 pH 9
412 43194E 7 0.54780965 pH 9
413 43194E 8 0.18664611 pH 9
414 43194E 9 0.50469749 pH 9
415 43194E 10 0.78256829 pH 9
416 43194E 11 0.70882117 pH 9
417 43194E 12 0.38050106 pH 9
418 43194E 13 0.14883783 pH 9
419 43194E 14 0.43105548 pH 9
420 43194E 15 0.50089813 pH 9
421 43194E 16 0.24204920 pH 9
422 43194E 17 0.48649130 pH 9
423 43194E 18 0.90926207 pH 9
424 43194E 19 0.58333722 pH 9