Изображения dicom мин макс пиксели и местоположения

Question

Я здесь новенький. У меня есть несколько изображений DICOM.

1. Мне нужно получить 4 максимальных значения пикселей и их координаты всех изображений
2. и автоматически обрезать 128 на 128 4 патча от каждого изображения, оставляя центральный пиксель одним из найденных макс.
3. сохранить патчи

Таким образом, мне нужно извлечь четыре патча из каждого пикселя. Пожалуйста, скажите мне, как я могу это сделать.

Я сделал этот код для одного изображения, но он не дает мне правильный ответ:

sortedValues = sort(grayImage, 'descend');
% Get the 4 max values and their coords
for k = 1 : 4
    thisValue = sortedValues(k);
    % Find where it occurs
    [rows, columns] = find(grayImage, thisValue);
    % Plot them over the image
    for k2 = 1 : length(rows)
        thisRow = rows(k2);
        thisColumn = columns(k2);
        plot(thisColumn, thisRow, 'r+');
        hold on;
        text(thisColumn, thisRow, num2str(k));
        % Crop into a new image
        row1 = thisRow - 64;
        row2 = row1 + 127;
        col1 = thisColumn - 64;
        col2 = col1 + 127;
        subImage = grayImage(row1:row2, col1:col2);
        % Now do something with subimage....
    end
end

Пожалуйста, помогите мне.

Answer 1

Следуя вашему коду, вот самый простой способ сделать это. Обратите внимание, что я сделал некоторые исправления и улучшения по пути:

imshow(grayImage);
hold on;   % only needed once

% corrected to sort the entire image grayImage(:), not just column-by-column
% sortedValues not used here, but left for future use
[sortedValues, sortedIndices] = sort(grayImage(:), 'descend');

for k = 1:4
   [m,n] = size(grayImage);
   [r,c] = ind2sub([m,n], sortedIndices(k));
   plot(c, r, 'r+');
   text(c, r, num2str(k));
   row1 = max(r - 64, 1);   % make sure rows/columns don't fall outside image
   row2 = min(r + 63, m);
   col1 = max(c - 64, 1);
   col2 = min(c + 63, n);
   subImage = grayImage(row1:row2, col1:col2);
   % Now do something with subimage...
end

hold off;

Это использует второй вывод sort чтобы получить индексы максимальных пикселей, а затем передает эти индексы через ind2sub чтобы получить номер строки / столбца.

Answer 2

Вы можете сделать это так в bash с vips и ImageMagick

#!/bin/bash
# Convert DICOM image to PNG for vips
convert image.dcm image.png

# Use vips to get x and y of 4 maximum pixel locations
{ read line; read -a x <<< "$line"
  read line; read -a y <<< "$line"
  read line; } < <(vips im_maxpos_vec image.png 4)

# Now crop them out as centres of 128x128 boxes
i=0
for index in "${!x[@]}"; do
   cx=${x[index]}
   cy=${y[index]}
   ((a=cx-64))
   ((b=cy-64))
   echo Cropping from $cx,$cy to sub-${i}.png
   convert image.png -crop 128x128+${cx}+${cy} +repage sub-${i}.png
   ((i=i+1))
done

Я, вероятно, могу устранить необходимость vips если необходимо.