Ошибка записной книжки Обсерватории мозга - объект DataFrame не имеет атрибута ориентации

Question

Я использую записную книжку Алленовой мозговой обсерватории по адресу: http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/_static/examples/nb/brain_observatory.html

Когда я запускаю ячейки 16 и 17, после запуска ячейки 17 я получаю эту ошибку:

AttributeError: объект DataFrame не имеет атрибута ориентации

Вот код обеих ячеек:

from allensdk.brain_observatory.drifting_gratings import DriftingGratings

# example loading drifing grating data
#data_set = boc.get_ophys_experiment_data(512326618)
dg = DriftingGratings(data_set)
print("done analyzing drifting gratings")

import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
%matplotlib inline

# filter for visually responding, selective cells
vis_cells = (dg.peak.ptest_dg < 0.05) &  (dg.peak.peak_dff_dg > 3)
osi_cells = vis_cells & (dg.peak.osi_dg > 0.5) & (dg.peak.osi_dg <= 1.5)
dsi_cells = vis_cells & (dg.peak.dsi_dg > 0.5) & (dg.peak.dsi_dg <= 1.5)

# 2-d tf vs. ori histogram
# tfval = 0 is used for the blank sweep, so we are ignoring it here
os = np.zeros((len(dg.orivals), len(dg.tfvals)-1))
ds = np.zeros((len(dg.orivals), len(dg.tfvals)-1))

for i,trial in dg.peak[osi_cells].iterrows():
    os[trial.ori_dg, trial.tf_dg-1] += 1

for i,trial in dg.peak[dsi_cells].iterrows():
    ds[trial.ori_dg, trial.tf_dg-1] += 1

max_count = max(os.max(), ds.max())

fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1,2)

# plot direction selectivity
im = ax1.imshow(ds, clim=[0,max_count], cmap='hot', interpolation='nearest')
ax1.set_xlabel('temporal frequency')
ax1.set_ylabel('direction')
ax1.set_xticks(np.arange(len(dg.tfvals)-1))
ax1.set_xticklabels(dg.tfvals[1:])
ax1.set_yticks(np.arange(len(dg.orivals)))
ax1.set_yticklabels(dg.orivals)
ax1.set_title('direction selective cells')

# plot orientation selectivity
im = ax2.imshow(os, clim=[0,max_count], cmap='hot', interpolation='nearest')
ax2.set_xlabel('temporal frequency')
ax2.set_ylabel('orientation')
ax2.set_xticks(np.arange(len(dg.tfvals)-1))
ax2.set_xticklabels(dg.tfvals[1:])
ax2.set_yticks(np.arange(len(dg.orivals)))
ax2.set_yticklabels(dg.orivals)
ax2.set_title('orientation selective cells')

# plot a colorbar
fig.subplots_adjust(right=0.9)
cbar_ax = fig.add_axes([0.95, 0.05, 0.05, 0.85])
cbar = fig.colorbar(im, cax=cbar_ax)
cbar.set_ticks(np.arange(0, max_count, 2)+0.5)
cbar.set_ticklabels(np.arange(0, max_count, 2, dtype=int))

plt.show()

Линия, указанная в Traceback:

vis_cells = (dg.peak.ptest_dg < 0.05) &  (dg.peak.peak_dff_dg > 3)

Любая помощь приветствуется. Я хотел использовать тег 'allensdk', но у меня нет 1500 репутации.

Answer 1

Можете ли вы подтвердить для меня, что вы используете python3? Есть ряд проблем, которые мы пытаемся решить, связанных с py3 (в основном h5py и PyTables) - я столкнулся с этим вчера на самом деле.

Проблема заключается в том, что имена столбцов таблицы стимулов считываются из файла NWB со строками байтов ('b') в Python 3, которые не совместимы с индексацией столбцов панд.

Исправление заключается в исправлении этой строки:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/blob/master/allensdk/core/brain_observatory_nwb_data_set.py

Расшифровать строки как utf-8. Это выглядит так:

features = [ f.decode('UTF-8') for f in features ]

Я могу добавить это в главную ветку, если вам нравится. В противном случае в июне будет еще один выпуск, который будет включать это исправление. Я не думаю, что у нас пока будет полная поддержка python3, но мы работаем над этим.