GLM возвращает отрицательное значение для порога (отсечка)(в R)
Я работаю с моделированием распределения видов с GLM. У меня есть (Южная Америка) данные по видам Caiman crocodilus из GBIF ( http://www.gbif.org/species/5846514) и биоклиматические данные из Worldclim ( http://worldclim.org/current). Я пытаюсь запустить GLM, чтобы смоделировать распределение видов (с пакетом dismo):
modelGLM = pres ~ bioclim_10 + bioclim_11+ bioclim_16 + I(bioclim_16^2) + bioclim_17
GLM <- glm(modelGLM, family=binomial(link=logit), data=PresBackTrainRaw)
projecaoSuitability = predict(predictors, GLM, type='response')
До этого момента все выглядит нормально, но когда я пытаюсь получить порог (отсечение), возвращается отрицательное значение:
library(dismo)
> evaluation=evaluate(p=presencesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x=predictors)
> thresholdValues=threshold(evaluation,'spec_sens')
> thresholdValues
> [1] -2.578797
Поскольку выход glm (с type='response') варьируется от 0 до 1, отрицательный порог не имеет смысла. Кто-то может помочь мне понять, что не так?
1 ответ
Решение (предоставлено пользователем 20650):
добавлять type='response'
в evaluate
:
оценка библиотеки (dismo) = оценка (p = presentcesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x= предикторы, тип = "ответ") thresholdValues = порог (оценка, "spec_sens")
thresholdValues
[1] 0.07042211