Изменение числа перестановок в rda anova

Question

Я пытаюсь проверить общее значение модели rda с помощью функции anova(), но я понял, что, если я запускаю anova несколько раз, она не только каждый раз дает другое значение p, но и также дает разные числа перестановок.

Rfpreds<-rda (Rorders ~ Cornyield + Respiration + Nmin + logNase + logBGase + logPase, data = Rfunctions, na.action = "na.omit")

ANOVA (Rfpreds)

Поэтому я хотел посмотреть, получу ли я более последовательные результаты, используя больше перестановок. Я не очень опытен в использовании документации R, но, насколько я понимаю, я смог установить число перестановок:

anova (Rfpreds, перестановки =999)

но это приводит к ошибке:

Ошибка в match.arg(модель): "arg" должен быть NULL или символьный вектор

Я не могу понять, что я делаю здесь неправильно, но я, конечно, не могу сообщить p-значение, если оно меняется каждый раз, когда я запускаю код.

Answer 1

Вероятно, у вас есть старая версия вегана. Вероятно, старше, чем 2,2-0.

До веганского 2.2-0 мы использовали ленивую стратегию, в которой перестановки были остановлены, как только мы убедились, что p- значение перестановки было ниже критического порога (обычно p= 0.05), но в 2.2-0 мы всегда используем одинаковое количество перестановок, как указано в параметре.

У вас есть два варианта: (1) обновить Vegan и использовать аргумент permutationsили (2) установить аргументы step а также perm.max к тому же значению, дающему желаемое количество перестановок.