Описание тега openbugs

Описание тега Вопросы с тегом

OpenBUGS - это компьютерное программное обеспечение для байесовского анализа сложных статистических моделей с использованием методов Монте-Карло цепи Маркова (MCMC).

Обзор

BUGS - это программный пакет для выполнения байесовского вывода с использованием выборки Гиббса. Пользователь задает статистическую модель (почти) произвольной сложности, просто констатируя отношения между связанными переменными. Программное обеспечение включает в себя "экспертную систему", которая определяет подходящую схему MCMC (цепь Маркова Монте-Карло) (на основе семплера Гиббса) для анализа указанной модели. Затем пользователь контролирует выполнение схемы и может выбирать из широкого диапазона типов вывода.

Версии

Существует две основные версии BUGS, а именно WinBUGS и OpenBUGS. Этот сайт посвящен OpenBUGS, версии пакета с открытым исходным кодом, на которой будут сосредоточены все будущие разработки. Таким образом, OpenBUGS представляет собой будущее проекта BUGS. WinBUGS, с другой стороны, представляет собой устоявшуюся и стабильную автономную версию программного обеспечения, которая останется доступной, но не получит дальнейшего развития. Последние версии OpenBUGS (начиная с v3.0.7) были разработаны так, чтобы быть по крайней мере столь же эффективными и надежными, как WinBUGS, в широком диапазоне тестовых приложений. OpenBUGS работает на машинах x86 с MS Windows, Unix / Linux или Macintosh (с использованием Wine).

Обратите внимание, что существует программное обеспечение для запуска OpenBUGS (и анализа его вывода), в том числе из R и SAS.

Дополнительные сведения о различиях между OpenBUGS и WinBUGS см. На странице руководства OpenVsWin.

Как это работает

Указанная модель принадлежит к классу, известному как Направленные ациклические графы (DAG), для которого существует изящная математическая теория. Это позволяет нам разбить анализ произвольно больших и сложных структур на последовательность относительно простых вычислений. BUGS включает ряд алгоритмов, которые его экспертная система может назначить для каждой такой вычислительной задачи.

Одно из основных различий между OpenBUGS и WinBUGS - это способ, которым экспертная система принимает решения. WinBUGS определяет один алгоритм для каждого возможного типа вычислений, в то время как количество алгоритмов, которые OpenBUGS может использовать, не ограничено, что обеспечивает гораздо большую гибкость и расширяемость.

История

Проект BUGS вырос из работы в области искусственного интеллекта в начале 1980-х годов. Основные разработки включали: точные средства распространения неопределенности в графических структурах; понимание того, что для вывода можно использовать методы моделирования; и признание того, что объектно-ориентированное программирование может быть использовано для обобщения алгоритма моделирования. Начало программе BUGS было положено в 1989 году назначением главного программиста Эндрю Томаса, работающего под руководством Дэвида Шпигельхальтера, в отдел биостатистики MRC в Кембридже. По совпадению, в то же время классическая работа Гельфанда и Смита MCMC выполнялась в 80 милях от Ноттингема, но совершенно независимо и с совершенно другой отправной точки.

Изначально в BUGS использовались только довольно специализированные алгоритмы. Однако в 1996 году проект переместился в Имперский колледж в Лондоне (возглавляемый Ники Бест, который уже несколько лет работал в Кембридже), и началась работа по расширению возможностей программного обеспечения. В частности, на этом этапе к проекту присоединились Джон Уэйкфилд и Дэйв Ланн, которые работали над реализацией нелинейных моделей, и набирала обороты разработка автономной версии программного обеспечения для Windows. В последующие годы был рассмотрен ряд других сложных типов моделей, включая пространственные модели, динамические модели (включающие дифференциальные уравнения) и модели с переменными размерами (подогнанные с использованием MCMC с обратимым скачком).

В 2004 году Эндрю Томас переехал в Хельсинки, чтобы начать работу над OpenBUGS, в то время как Дэйв Ланн и Ники Бест остались в Imperial, продолжая поддерживать и развивать WinBUGS. Таким образом, два пакета несколько разошлись, каждый со своими расширенными функциями, недоступными в другом. Однако теперь, когда OpenBUGS превратился из экспериментального пакета в стабильный и надежный, мы сосредоточили все усилия на нем.

Источник: [ http://www.openbugs.net/w/FrontPage]