Описание тега upsetr
5
ответов
Как создать вектор из общих элементов в векторах R
У меня есть несколько векторов символов генов, содержащих названия видов, в которых они обнаружены, и я сделал график UpSetR, чтобы показать количество видов, общих для разных генов. Теперь я хотел бы сделать обратное: нанести на график количество о…
19 мар '18 в 19:12
2
ответа
В UpSetR, как показать десятичное число на панели пересечения
Я делаю диаграмму расстройства для следующих данных в процентах. Это фиктивный пример для моих более сложных данных. x<- c (a = 80, b = 9.9, c = 5, 'a & b' = 0.1, 'a & c' = 1.65, 'c & b' = 3.35) расстроен (fromExpression (x), order.by = "freq") Я хо…
21 фев '19 в 09:49
0
ответов
Является ли перекрытие между несколькими группами значительным? (R) - перестановка?
У меня есть шесть групп наблюдений (в формате 128_A, 16001_T и т. Д.). С использованием UpSetR пакет в R Я нашел конкретные перекрывающиеся наблюдения между моими 6 группами, т.е. наблюдения разделены на 2,3,4,5,6 группы или специфические для группы…
13 сен '18 в 04:03
0
ответов
Сложенный барплот в UpSetR
Я искал способ иметь гистограмму с накоплением в графике upsetR. Я скачал набор данных фильмов ( отсюда) и добавил столбец, имеющий только два значения "M" и "C". Ниже информация о том, как я загрузил данные и добавил столбец "х". Редактировать: m &…
19 фев '19 в 16:24
1
ответ
Ошибка "объект 'freq' not found" при применении цвета в UpSetR
Если я запускаю это представление, я получаю необходимый вывод: ``` r library(UpSetR) listInput <- list(one = c(1, 2, 3, 5, 7, 8, 11, 12, 13), two = c(1, 2, 4, 5, 10), three = c(1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13)) upset(fromList(listInput), order.by =…
17 ноя '17 в 14:52
1
ответ
Используйте цветовую палитру для точек матрицы в UpSetR
Ниже я построил расстроенный сюжет. Я использую палитру цветов, чтобы определить цвета панели. Есть ли способ сделать это и для матрицы подключенных точек? library(dplyr) library(RColorBrewer) library(UpSetR) movies <- read.csv(system.file("extda…
14 сен '17 в 15:39
1
ответ
Использование запросов в UpSetR
Я пытаюсь использовать возможности запроса в пакете UpSetR для выделения определенных элементов в зависимости от одной переменной. Ссылка на мой набор данных Dropbox Я могу сделать основной сюжет без проблем: stress <- read_delim("upset_plot_high…
23 ноя '17 в 13:26
2
ответа
UpsetR изменить набор именных меток на графике
Я пытаюсь изменить метки набора имен в моем графике UpsetR (используя функцию Upset), чтобы они представляли собой строку из нескольких слов. Вместо "A", "B", "C" в качестве меток набора я хочу, чтобы метки набора отображались как "A Description", "…
21 апр '19 в 22:28
1
ответ
Как исправить "Ошибка в`$ <-. Data.frame` (`* tmp *`, "x", value = 1L): замена имеет 1 строку, данные имеют 0 "при использовании upsetR?
Ниже смоделированных данных, которые будут входом для функции upset() nobs <- 4000 pb <- round(runif(n=1, min=0.1, max=0.8),1) August <- rbinom(n=nobs, size=1, prob=pb) pb <- round(runif(n=1, min=0.1, max=0.8),1) September <- rbinom(n…
08 май '19 в 14:26
1
ответ
UpsetR: добавить числовые метки, чтобы установить размер на графике
Есть ли способ добавить метки поверх полос заданного размера в UpsetR, аналогично show.numbers для основного графика пересечений? test<- upset (grouped_hot, sets = C ("A", "B", "C", "N"), nintersects = 8, mb.ratio = c (0,6, 0,4), sets.x.label = " Ко…
22 апр '19 в 02:14
0
ответов
Извлечь Матрицу взаимодействия из UpSetR
Знаете ли вы, есть ли способ извлечь матрицу взаимодействия, которую UpSetR создает для своих графиков? Я хочу построить взаимодействие между столбцами моего data.frame, но у меня есть несколько столбцов, и стиль построения графиков UpSetR довольно …
25 июл '19 в 13:23
0
ответов
Как сделать график UpSet в R с прозрачным фоном?
Можно ли сделать график UpSet с прозрачным фоном? Я проверил документацию, и нет никаких аргументов, связанных с цветом фона. Я также пробовал сохранять напрямую как.pdf, но только небольшая часть графика становится прозрачной (слева от y-метки). li…
30 сен '19 в 18:38
1
ответ
Как использовать собственное семейство шрифтов в графиках UpsetR?
Я пытаюсь создать заданный сюжет с помощью пакета UpSetR; однако я бы хотел контролировать семейство шрифтов. Идеальный подход - использоватьtheme функция от ggplot2но это не поддерживается на данный момент по UpSetR (есть открытый вопрос с 2016 год…
12 фев '20 в 16:54
0
ответов
UpSetR с транспонированным фреймом данных в R
У меня есть следующая таблица mytable.tsv: ABCI15.1 IM3 ABCK16.1 IMNCY ABCK16.1 IM5 ABCI15.1 IM200/IM605 ABCM13.1 IM4 ABCN06.1 IM1182 ABCN20.1 IM21 ABCN06.1 IMNCY ABCP20.1 IM4 ABCM13.1 IM630 И я хотел бы сделать график UpsetR как для этой таблицы, т…
02 май '20 в 16:26
1
ответ
расстроенный участок с полосами заданного размера на правой стороне
Пакет UpSetR R предлагает замечательный метод обновления традиционной диаграммы Венна, когда необходимо сравнить несколько компонентов / наборов. Однако график отклонений в R (с использованием пакета UpSetR) отображает установленный размер (горизонт…
27 сен '19 в 12:30
1
ответ
Попытка построить UpSetR и получение ошибки
У меня есть сценарий, который выглядит так: library("UpSetR") Data<- read.table(file=file.choose(), header=T, fill = TRUE); Data <- as.data.frame(Data); head(Data); GEO<- colnames(Data); upset(Data, sets = GEO, nsets = 6); Данные выглядят т…
10 июн '20 в 06:35
1
ответ
Используете upset R для визуализации данных обследования?
Я могу использовать для создания основных графиков и графиков отклонений атрибутов с помощью пакета UpsetR. Но я не могу создавать графики с использованием данных опросов. Кто-нибудь пробовал строить расстроенные сюжеты по данным опросов? Спасибо. М…
13 июн '20 в 23:20
0
ответов
Группа UpSetR по набору цветов
Я смотрел на это пару часов и, кажется, не нашел решения. Я бы хотел, чтобы диаграмма upSet раскрашивалась по набору. Например, library('UpSetR') movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR&…
16 авг '20 в 00:20
1
ответ
R Преобразование категориальных данных в фиктивные, установленные другой переменной
У меня есть этот набор данных, я ставлю вместо кода скриншот реальных данных или что-то в этом роде. извините за ошибку, я новичок здесь в Rвведите описание изображения здесь Затем я хочу преобразовать данные в фиктивный набор для категориальных дан…
30 апр '20 в 11:00
0
ответов
Пакет UpSetR отображает пустые наборы
У меня есть такой сценарий: Marker <- c("PDL1", "PDL2", "PD1", "CD155", "TIGIT", "CD96", "BTLA", "CD160", "HVEM", "NKG2A", "CD66ace", "Gal9", "LAG3", "Tim3", "Vista", "CD244", "CD48", "CD305", "CD40", "CD40L", "OX40", "BAFFR", "CD226", "LIGHT", "…
17 май '20 в 17:49