pygit2 возвращает неправильные флаги для repo.status()

Question

Я бегу repo.status().items() в хуке предварительной фиксации с использованием -a флаг (git commit -a -m "Test"), и я получаю результат, который выглядит следующим образом:

[('config/git_hooks/pre-commit', 256), ('bin/run_flake8', 256)]

Если я бегу git status в этом же процессе я получаю:

On branch ops_1331_fix
Your branch is ahead of 'origin/ops_1331_fix' by 2 commits.
  (use "git push" to publish your local commits)
Changes to be committed:
  (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)

    modified:   bin/run_flake8
    modified:   config/git_hooks/pre-commit

Другими словами, pygit2 сообщает о том, что эти файлы не находятся в стадии подготовки, а git сообщает о том, что они находятся в стадии подготовки.

Мне не ясно, является ли это проблемой с libgit2 или pygit2. Я пробовал копаться в исходном коде, но он довольно запутанный. Почему расхождение?