Может ли Networkx считывать узлы и ребра из разных файлов?

У меня есть CSV-файл, содержащий эти узлы, с соответствующими координатами для каждого, например, так:

    node x y
    A1  67.8    15.53
    A2  108.74  15.53
    B1  67.8    25.33
    B2  108.74  25.33
    C1  67.8    30.22
    C2  108.74  30.22
    D1  67.8    37.99
    D2  108.74  37.99
    E1  67.8    43.84

И для каждого из этих узлов у меня есть другой файл с ребрами, который представляет расстояние между каждым подключенным узлом, например:

   node1 node2 distance
   A1 A2 40.90
   A1 B1 9.8
   A2 B2 9.8
   B1 A1 9.8
   ...

Итак, что я могу сделать, чтобы добавить узлы и их соответствующие ребра в один и тот же граф?

Я попробовал это, но это не работает:

    import pandas as pd 
    import networkx as nx 
    import matplotlib.pyplot as plt
    import numpy

    nodes = pd.read_csv('nodes.csv')
    print nodes

    G = nx.Graph()

    for row in nodes.iterrows():
      G.add_node(row[1][0], x=row[1][2],y=row[1][3])

     edgelist = pd.read_csv('edges.csv')

     print edgelist


     for i, elrow in edgelist.iterrows():
     G.add_edge(elrow.node1,elrow.node2,weight=elrow.distance)

     G.nodes(data=True)

     nx.draw(G)
     plt.show()

Я новичок в Python, и мне нужно это как часть кода для моей магистерской диссертации. Я использую Python 3.6, но я также установил версию 2.7. Можете ли вы помочь мне сделать эту работу?

Источник

1 ответ

Решение

В Networkx есть несколько служебных функций, которые могут немного облегчить вашу жизнь. Вы могли бы использовать nx.from_pandas_dataframeгенерировать график прямо из вашего edges DataFrame:

edges = pd.read_csv('edges.csv', sep='\s+')
G = nx.from_pandas_dataframe(edges, 'node1', 'node2', ['distance'])

а затем вы можете добавить атрибуты узла путем преобразования nodes DataFrame к списку диктов, затем загружая их в график, G с G.add_nodes_from(data):

nodes = pd.read_csv('nodes.csv', sep='\s+')
data = nodes.set_index('node').to_dict('index').items()
G.add_nodes_from(data)

import pandas as pd 
import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

edges = pd.read_csv('edges.csv', sep='\s+')
G = nx.from_pandas_dataframe(edges, 'node1', 'node2', ['distance'])

nodes = pd.read_csv('nodes.csv', sep='\s+')
data = nodes.set_index('node').to_dict('index').items()
G.add_nodes_from(data)
print(G.nodes(data=True))
print(G.edges(data=True))

печать (для G.nodes(data=True)):

NodeDataView({'D1': {'y': 37.990000000000002, 'x': 67.799999999999997}, 'A1': {'y': 15.529999999999999, 'x': 67.799999999999997}, 'C2': {'y': 30.219999999999999, 'x': 108.73999999999999}, 'B2': {'y': 25.329999999999998, 'x': 108.73999999999999}, 'D2': {'y': 37.990000000000002, 'x': 108.73999999999999}, 'C1': {'y': 30.219999999999999, 'x': 67.799999999999997}, 'A2': {'y': 15.529999999999999, 'x': 108.73999999999999}, 'E1': {'y': 43.840000000000003, 'x': 67.799999999999997}, 'B1': {'y': 25.329999999999998, 'x': 67.799999999999997}})

и для G.edges(data=True)):

EdgeDataView([('A1', 'A2', {'distance': 40.9}), ('A1', 'B1', {'distance': 9.8}), ('B2', 'A2', {'distance': 9.8})])
Источник

from_pandas_dataframe не работает для networkx v2.

Я нашел здесь правильное имя метода: AttributeError: модуль 'networkx' не имеет атрибута 'from_pandas_dataframe'

И для меня сработало:

G = nx.from_pandas_edgelist(edges, 'src', 'tgt', edge_attr=True)

После этого я смог использовать остальную часть принятого ответа:

data = nodedf.set_index('id').to_dict('index').items()
G.add_nodes_from(data)
Источник
Другие вопросы по тегам