Пакет Ape - извлечение расстояний между узлами

Question

Я работаю с пакетом обезьян в настоящее время. Моя идея состоит в том, чтобы извлечь метки наконечников, соответствующие каждому узлу, а также расстояния между узлами. Как я могу это сделать?

Большое спасибо за вашу помощь

Answer 1

Вот как интерпретировать расстояния между узлами / наконечниками в phylo объект (обратите внимание, что для dispRity::tree.age вам нужно будет установить dispRity с GitHub https://github.com/TGuillerme/dispRity):

set.seed(1)
tree <- rtree(5)
tree$node.label <- paste0("n", 6:9)
plot(tree)
nodelabels(tree$node.labe)
axisPhylo()

## The distance between each tip
cophenetic(tree)

## The height of each tip and node
library(dispRity)
dispRity::tree.age(tree, order = "present")

## The distance between each nodes/tips
distances <- cbind(tree$edge, tree$edge.length)
colnames(distances) <- c("from", "to", "distance")
distances

Эта таблица расстояний читается как от элемента (наконечник / узел) n к элементу (наконечник / узел) m. Нумерация работает следующим образом: 1 - первая подсказка в дереве (tree$tip.label[1]), 2 - второй и т. Д. 6 (количество советов + 1) - первый узел в дереве (tree$node.label[1]), так далее.